Путин обсудил с премьером Пакистана ситуацию в Афганистане :: Политика :: РБК

Владимир Путин (Фото: Kremlin Pool / Global Look Press)

Президент России Владимир Путин и премьер-министр Исламской Республики Пакистан Имран-Хан в ходе переговоров отметили важность поддержания в Афганистане мира и налаживания межафганского диалога, сообщает пресс-служба Кремля.

«При обсуждении ситуации в Афганистане подчеркнута важность поддержания в стране мира, безопасности и недопущения насилия, налаживания межафганского диалога, который способствовал бы формированию инклюзивного правительства, учитывающего интересы всех групп населения», — говорится в сообщении.

Также в пресс-службе рассказали, что стороны договорились координировать подходы к афганской проблеме в двустороннем и многосторонних форматах.

Кроме того, главы государств обсудили торгово-экономические связи и реализацию совместных проектов в энергетической и гуманитарной областях.

Пакистан: 18 боевиков погибли от удара беспилотника США

27 декабря 2010

В 2010 году беспилотники США нанесли более 100 ударов по районам Пакистана

В Пакистане в результате ракетного удара, как предполагается, американского беспилотника погибли, по меньшей мере, 18 боевиков.

Точное число погибших пока неизвестно, так как боевики, как правило, стараются занижать масштабы своих потерь.

Как сообщают представители пакистанских властей, авианалет произошел в 25 километрах от Мираншаха, главного города в Северном Вазиристане. Четыре ракеты попали в грузовик, перевозивший боевиков, еще две в строения на территории лагеря талибов.

Северный и Южный Вазиристан являются убежищем для талибов и боевиков «Аль-Каиды», и поэтому авиаудары ВВС сил НАТО происходят в этих районах довольно часто.

Всего в 2010 году беспилотники США нанесли в Пакистане более 100 ракетных ударов.

Командование сил НАТО утверждает, что это один из наиболее эффективных способов борьбы с талибами, скрывающимися вдоль пакистано-афганской границы. Однако официальный Исламабад неоднократно высказывал недовольство и озабоченность тем, что жертвами подобных налетов нередко становятся мирные жители.

По словам властей Пакистана, жертвы среди мирного населения лишь подогревают поддержку боевиков со стороны рядовых граждан.

Между тем среди секретных дипломатических документов, опубликованных на сайте Wikileaks в результате утечки, есть материалы, согласно которым пакистанские власти лишь для отвода глаз вслух критикуют натовские налеты, а на самом деле поддерживают их.

Командование США и ЦРУ не всегда официально подтверждают факт своей причастности к ракетным ударам по пакистанским провинциям, однако аналитики напоминают, что только Соединенные Штаты располагают в регионе военными самолетами подобного типа.

Pakistan | ЮНЭЙДС

05 февраля 2010 года.

Отсутствие ресурсов для реализации пересмотренных Национальных стратегических рамок может ограничивать возможности Пакистана для осуществления эффективных мер в ответ на эпидемию ВИЧ. Эти рамки, одобренные партнерами, участвующими в осуществлении таких мер, обеспечивают основанное на доказательной информации стратегическое направление для неотложного решения проблемы роста распространения ВИЧ среди потребителей инъекционных наркотиков (ПИН) и других групп населения вследствие половых контактов и предупреждения внедрения этой инфекции среди широких слоев населения.

Несмотря на то что показатель распространенности ВИЧ среди населения в целом составляет менее 0,1%, в Пакистане отмечен переход от эпидемии ВИЧ низкого уровня к концентрированной эпидемии, поскольку общий показатель распространенности среди ПИН постоянно нарастал – от 10,8% в 2005 году до почти 21% в 2008 году.

Отчасти относительно высокий вклад потребителей инъекционных наркотиков в развитие эпидемии в регионе исторически обусловлен наличием путей для незаконной торговли опиумом. Опиаты являются основным наркотиком для 65% пациентов, получающих лечение от наркотической зависимости в Азии, хотя способы употребления наркотиков в этом регионе могут сильно отличаться. По оценкам, число потребителей инъекционных наркотиков в Пакистане составляет около 91 000 человек, причем примерно одна четвертая часть ПИН, проживающих в городских районах, инфицированы ВИЧ.

Учитывая тенденции в развитии эпидемии среди ПИН, приоритетным направлением является реализация программ обмена шприцев и программ снижения вреда, включая детоксикацию. В 2002-2004 годах было инициировано существенное расширение услуг по профилактике ВИЧ и снижению вреда, и в настоящее время в стране планируется пилотная программа заместительного лечения от опиоидной зависимости для потребителей наркотиков. Услуги по снижению вреда оказываются через партнерские НПО, которые могут играть центральную роль для охвата ПИН и расширения таких услуг.

Биологические исследования и изучение поведения указывают на увеличение знаний относительно ВИЧ, расширение практики пользования презервативами и снижение уровня пользования общими шприцами и иглами среди ПИН, которые включены в программы снижения риска. В то же время уровень охвата такими программами все еще остается низким. Увеличение ресурсов позволит расширить охват услугами по снижению риска и вреда, которые дают положительные результаты, снижая уровень распространения ВИЧ среди групп населения, которым грозит повышенный риск.

Знать свою эпидемию

Как и в других странах Азии, где имеет место так называемая азиатская модель развития эпидемии, для эпидемии в Пакистане характерны быстрое распространение ВИЧ и высокий показатель распространенности ВИЧ среди ПИН на начальных стадиях эпидемии с последующим охватом других ключевых групп населения, которым грозит повышенный риск, таких как работники секс-бизнеса и мужчины, имеющие половые контакты с мужчинами (МСМ). В дальнейшем эта эпидемия может внедряться среди широких слоев населения вследствие контактов с участием таких групп населения, как партнеры и клиенты работников секс-бизнеса. Эти контакты, а также употребление наркотиков работниками секс-бизнеса, включая высокий уровень распространения небезопасной сексуальной практики и низкий уровень понимания факторов риска, указывают на возможность быстрого распространения ВИЧ-инфекции среди ключевых групп населения.

Одним из успешных примеров реализации мер в этой стране является внедрение эпиднадзора 2-го поколения для отслеживания тенденций в развитии эпидемии. Была разработана специальная методика для страны; вначале было проведено картирование групп риска, после чего были собраны данные о поведении и биологические данные. Это позволило получить последнюю информацию о численности групп риска, а также о распространенности ВИЧ среди них.

Таким образом, эпидемиологические данные, собранные в последние несколько лет, подтверждают развитие «концентрированной» эпидемии в Пакистане. Они также четко указывают на низкие уровни осуществления мер по профилактике ВИЧ среди населения в целом и среди молодежи.

Адаптировать ответные меры

В соответствии с тенденцией в развитии эпидемии, подтвержденной результатами последних данных эпиднадзора, правительство Пакистана недавно пересмотрело свои Национальные стратегические рамки (НСР-II). Эта новая инициатива, рассчитанная на пятилетний период (2008–2012), строится на основе инициатив, изложенных в первых национальных рамках, и вновь акцентирует внимание на необходимости быстрого расширения программ по профилактике и оказанию услуг в связи с ВИЧ для групп населения, которым грозит самый высокий риск.

В стране разработана национальная политика по СПИДу и соответствующие законодательные рамки, изложенные в «Законе о профилактике и лечении в связи с ВИЧ и СПИДом», что позволяет правительству оказывать услуги группам населения, которым грозит риск заражения ВИЧ вследствие характера их занятости и/или используемой ими практики. Основные положения этой политики направлены на то, чтобы гарантировать доступ к уходу и поддержке, а также справедливый доступ к лечению для людей, живущих с ВИЧ. Эта политика также направлена на ослабление стигмы и дискриминации в отношении людей, живущих с ВИЧ, и на расширение доступа к информации по вопросам ВИЧ и услугам для профилактики ВИЧ.

«В последние годы Пакистан добился существенного прогресса, включая решение сложных социальных вопросов и постоянное расширение участия людей, живущих с ВИЧ, в осуществлении мер в ответ на СПИД», – сказал Страновой координатор ЮНЭЙДС Уссама Тавил. «Тем не менее сейчас критически важно прилагать коллективные усилия для поддержания этих жизненно важных мер».

Нехватка ресурсов

Несмотря на наличие комплексного плана действий, основанного на доказательных рекомендациях, страна столкнулась с проблемой нехватки ресурсов, что может поставить под угрозу осуществления своевременных и эффективных мер в ответ на эпидемию.

По оценкам, выполненным правительством, в ближайшие пять лет на реализацию НСР-II всего потребуется 293 миллиона долларов США. В 2006-2007 годах расходы в связи со СПИДом составили 29,67 миллиона долларов США, причем самая крупная доля (61%) была выделена на мероприятия по профилактике.

Несмотря на получение ресурсов, выделенных через Всемирный банк, двусторонние соглашения о финансировании и государственное финансирование, этих средств недостаточно для удовлетворения нынешних потребностей и обеспечения устойчивого потенциала для осуществления мер в ответ на ВИЧ в будущем.

СПИД может оказать серьезное воздействие на определенные сообщества в ближайшее десятилетие. Стране срочно требуются финансовые и кадровые ресурсы для расширения услуг по профилактике, лечению, уходу и поддержке в связи с ВИЧ с тем, чтобы активно повлиять на развитие эпидемии ВИЧ и ослабить ее социальные и медицинские последствия.

Знаете ли Вы? Пакистан и Шёлковый путь — Таксила

Мы приглашаем Вас присоединиться к нашей тематической рубрике «Знаете ли вы?». Знание и высокая оценка данных тем помогает сохранить, распространить и поддерживать элементы нашего общего наследия Шелкового пути.

Восток и Запад всегда служили перекрестком разных народов. Одним из основных таких перекрестков была территория, которую сегодня занимает Пакистан.

Регион Гандхары и индийский субконтинент смогли наладить связи с Западом в эпоху Дария I, царя Персидской империи Ахеменидов, с 522-486 до нашей эры. Это было связано с тем, что взаимосвязанная сеть коммерческих торговых отношений между различными регионами не была установлена ранее.

Со временем эффективность и частота этих взаимодействий увеличились, что стало прямым отражением значительных исторических событий, таких как экспедиции на Восток, возглавляемые Александром Македонским.

Караваны пересекали долины Гандхары, перевозя грузы из дальних стран. Таким образом, жители Гандхары, как перекрестка иорговых маршрутов, познакомились с искусством и культурой разных регионов. Действуя как ворота в направлении Индии, все наземные маршруты, идущие с Запада и Севера, пересекали этот город.

В связи с многочисленными разногласиями между Селевкидскими, Парфянскими и Римскими царствами на Западе и территорией Бактрии на Востоке стабильность развития Шелкового пути была под угрозой. Таким образом, географическое положение Таксилы сыграло значимую роль города в торговле между Востоком и Западом. В мирные времена межкультурная деятельность возрастала, что прослеживается в римской культуре, элементы которой заметно присутствуют в регионе Гандхара. Кроме того, маршрут Таксилы был важным во всем пакистанском регионе, где процветала культурная деятельность, особенно с появлением искусства Гандхары.

На шелковом пути обменивались товарами, а также идеями, навыками и технологиями. Таким примером является использование камня вместо дерева для архитектуры или скульптуры. Это можно рассматривать как видимый перевод невербальных коммуникативных обменов между различными группами населения. Более того, политические и социальные взаимодействия увеличились из-за коммерческой торговли по этим дорогам. Следовательно, межкультурные взаимодействия постепенно трансформировались. Запад продолжал приобретать большее количество товаров с Востока, тогда как индийский субконтинент смог переосмыслить и трансформировать элементы западной культуры.

Благодаря этому маршрут установленные связи со средиземноморскими странами продолжали развиваться. Возросло культурное взаимодействие между разными группами населения. Следовательно, устойчивое наследие эллинистического искусства и культуры в этом регионе является результатом многочисленных исторических событий. Несмотря внешние влияния, историческая точность этого периода последовательна и непоколебима. Это позволяет легко и доступно популяризировать, и оценивать информацию для того, чтобы будущие поколения чествовали всеобщее культурное наследие Шелкового пути.

Читайте также:

Шелковый путь Анатолии

Шелковый путь в Монголии

Южный Шелковый путь

Великий Шелковый путь

Пакистан — Население

Пакистан Население 1950-2021 | МакроТренды

• В настоящее время население Пакистана в 2021 году составляет 225,199 937 , что на 1,95% больше, чем на по сравнению с 2020 годом.
• Население Пакистана в 2020 году составляло 220,892,340 , что на 2% больше, чем на человек по сравнению с 2019 годом.
• Население Пакистана в 2019 году составляло 216 565 318 , что на 2,04% больше, чем на человек по сравнению с 2018 годом.
• Население Пакистана в 2018 году составляло 212 228 286 , а 2.На 08% больше на по сравнению с 2017 годом.

Frontiers | Влияние пандемии коронавирусной болезни (COVID-19) на психологическое благополучие всего населения Пакистана

Введение

Болезнь, вызванная вирусом короны 2019 (COVID-19), возникла в Ухане, провинция Хубэй, Китай, где большое количество пациентов поступило с пневмонией неизвестной этиологии (1).Позже болезнь распространилась по стране и по всему миру с декабря 2019 года до начала 2020 года (2). Всемирная организация здравоохранения (ВОЗ) 30 января 2020 г. объявила о вспышке нового коронавирусного заболевания как о чрезвычайной ситуации в области общественного здравоохранения, имеющей международное значение, в соответствии с Международными медико-санитарными правилами (ММСП), а 11 марта 2020 г. болезнь была объявлена ​​пандемией. , затронувшие 169 стран и почти все континенты (3).

COVID-19 не только представлял серьезную угрозу для физического здоровья, но и оказал негативное влияние на социальное, психологическое и психическое здоровье населения (4).Психологическое и психическое здоровье относится к состоянию людей, в котором они осознают свою способность справляться с факторами жизненного стресса (5). Многие факторы влияют на психологическое и психическое здоровье населения, например, неопределенность болезни, социальное дистанцирование, самоизоляция и карантин (6). Общенациональный опрос, проведенный в Китае 31 января 2020 года, показал, что средний балл Индекса перитравматического дистресса (CPDI) COVID-19 составил 23,65 (± 15,45), в котором оценивалась частота тревожности, депрессии, фобий, когнитивных изменений, избегания и компульсивного поведения. поведение и потеря социального функционирования у населения.Почти 35% респондентов испытывали проблемы с психологическим и психическим здоровьем (7). Другое исследование, проведенное в Китае, проанализировало психологическое воздействие COVID 19 на пожилое население, которое показало, что у пожилых людей всех возрастных категорий есть проблемы с депрессией и тревогой (8).

Пакистан находится в состоянии повышенной готовности с февраля 2020 года, когда в стране был зарегистрирован первый случай заболевания. Правительству и медицинским работникам рекомендованы профилактические меры для предотвращения распространения болезни (6).Позднее эти меры были усилены с увеличением числа случаев и местной передачи. Правительство ввело полную изоляцию, закрытие предприятий и мечетей, ограничение передвижения и работу дома, чтобы способствовать социальному дистанцированию и сдерживать распространение болезней. Эти меры предосторожности, такие как социальное дистанцирование, пребывание дома и изоляция, могут привести к проблемам психологического и психического здоровья (6). Исследование, проведенное в Карачи, Пакистан, в марте 2020 года, выявило психологические проблемы, такие как повышение уровня тревожности и страха, а также изменения в поведении для обеспечения безопасности (9).

Исследования подтвердили, что вспышка COVID-19 связана с различными психологическими проблемами, которые могут продолжаться даже после завершения вспышки. Поэтому важно оценить бремя психологических проблем и определить группы высокого риска среди населения, которым может потребоваться психологическая поддержка во время этого кризиса.

Это исследование представляло собой общенациональный опрос, направленный на анализ психологического воздействия эпидемии COVID-19 на население Пакистана в целом во время вспышки.Результаты этого исследования будут полезны для нацеливания на уязвимое население, имеющее психологические проблемы, и для разработки более качественного, научно обоснованного и общенационального стратегического плана комплексного психологического кризисного управления.

Методы

Мы провели онлайн-опрос среди населения Пакистана в целом. Согласно переписи населения 2017 года, общая численность населения Пакистана составляет 207 миллионов человек с темпами роста 2,4%. Административные единицы Пакистана состоят из четырех провинций, т.е.е., Пенджаб, Синд, Белуджистан и Хайбер-Пахтунхва, вместе с двумя автономными территориями Азад Кашмир и Гилгит-Балтистан и одной федеральной территорией, Исламабадом (10).

Из-за строгой изоляции по всей стране для проведения социального дистанцирования и контроля распространения болезни было невозможно провести индивидуальные интервью в сообществе. Поэтому мы решили провести онлайн-опрос, используя все возможные способы контакта с населением. Для регистрации всего населения Пакистана использовалась стратегия «удобство» и «снежный ком».К участникам обращались через Интернет-анкету для самостоятельного заполнения, которая была составлена ​​в формах Google. Мы разослали ссылку на опрос населению в целом через WhatsApp, Facebook и адреса электронной почты в период с 26 апреля по 15 мая 2020 года.

Расчет объема выборки

Размер выборки был рассчитан с использованием открытого калькулятора размера выборки epi (11). Мы предположили, что у 50% населения есть плохое самочувствие. Эта 50% пропорция обеспечит максимальную дисперсию и размер выборки.При уровне достоверности 95% и абсолютной точности 4% рассчитанный размер выборки составил 600 участников. Мы использовали эффект схемы 2,5, чтобы расширить нашу выборку, чтобы учесть изменчивость популяции, которая увеличилась до выборки в 1500 человек. Мы дополнительно увеличили нашу выборку на 20%, чтобы учесть неполные и отсутствующие данные, поэтому окончательный требуемый размер выборки составил 1800 участников.

Приборы, меры и переменные для сбора данных

Данные были собраны с помощью структурированной анкеты на английском и местном языке урду.Анкета была разделена на три раздела и содержала 27 вопросов. Первые два вопроса перед началом сбора демографической информации касались их желания участвовать и выбора языка. Социально-демографическая информация, собранная в разделе 1, включала пол, возраст, город, образование, семейное положение, занятость, тип занятости, тип семьи и финансовую поддержку.

Отношение населения Пакистана к COVID-19 было собрано в разделе 2 и оценивалось по следующим аспектам: вера в успешный контроль над COVID-19, вера в то, что Пакистан может выиграть битву с COVID-19, вера в то, что остановить Самостоятельный просмотр новостей поможет уменьшить страх, а вера в то, что недостоверная и непроверенная информация, распространяемая через переадресованные сообщения, усиливает панику по поводу COVID-19.Для всех этих вопросов использовалась пятибалльная шкала Лайкерта (категорически не согласен, чтобы полностью согласиться).

Чтобы оценить обеспокоенность по поводу COVID-19, мы задали пять вопросов в разделе 3, касающихся следующих аспектов: беспокойство о возможном заражении COVID-19, несмотря на принятые превентивные меры; беспокоятся о том, что не смогут выжить, если заразятся COVID-19; опасаются, что если они заразятся инфекцией, лекарства / лечение не подействуют; опасаются, что передадут вирус своей семье; и не боятся заразиться этим, потому что они уже стары и прожили свою жизнь наилучшим образом.Использовалась пятибалльная шкала беспокойства Лайкерта, которая включала «совсем не беспокоиться», «слегка обеспокоен», «слегка обеспокоен», «умеренно обеспокоен» и «чрезвычайно обеспокоен».

Индекс благополучия ВОЗ-5

Индекс благополучия Всемирной организации здравоохранения, состоящий из пяти пунктов (ВОЗ-5), является одним из наиболее часто используемых вопросников для оценки субъективного психологического благополучия (12). Это сокращенная форма рейтинговых шкал ВОЗ-10 и 28 пунктов (12, 13). ВОЗ-5 может использоваться в качестве инструмента для выявления депрессивных симптомов, мониторинга эмоционального и психологического благополучия (14, 15).Пункты ВОЗ-5 были следующие: я чувствовал себя бодрым и в хорошем настроении, я чувствовал себя спокойным и расслабленным, я чувствовал себя активным и бодрым, я просыпался свежим и отдохнувшим, и моя повседневная жизнь была наполнена вещами, которые заинтересуй меня. Альтернативными ответами были «все время = 5», «большую часть времени = 4», «более половины времени = 3», «менее половины времени = 2», «часть времени = 1 »или« ни разу = 0 ». Респондентов попросили оценить, насколько хорошо каждое из пяти утверждений применимо к ним при рассмотрении последних 14 дней.Каждый из пяти пунктов оценивается от 5 (всегда) до 0 (ни разу). Таким образом, исходный балл теоретически колеблется от 0 (отсутствие благополучия) до 25 (максимальное благополучие). Исходный балл в диапазоне от 0 до 25 был умножен на четыре, чтобы получить окончательный балл от 0, представляющего наихудшее возможное вообразимое благополучие, до 100, представляющее наилучшее вообразимое благополучие. Мы использовали официальную версию шкалы благополучия ВОЗ-5 на урду (16).

Статистический анализ

Данные были загружены в виде листа Microsoft Excel, а затем импортированы в IBM SPSS for Windows v.22.0 (IBM Corp., Армонк, США) для анализа. Среднее и стандартное отклонения были рассчитаны для количественных переменных, таких как возраст, области отношения и оценки благополучия. Категориальные переменные, такие как пол, семейное положение, образование, статус занятости, тип занятости, тип семьи, регион, финансовая поддержка во время изоляции и статус заболевания, были выражены как частота и процент.

Пропорция отношения, беспокойства и стратегий выживания, используемых участниками во время изоляции, была определена путем использования частотности индивидуальных вопросов.Пятибалльная шкала Лайкерта была преобразована в трехбалльные ответы, такие как следующие: «категорически не согласен» и «не согласен» были объединены как «не согласен»; «Полностью согласен» и «согласен» были объединены как «согласен»; а средняя категория — «не знаю». Точно так же пятибалльная шкала беспокойства Лайкерта также была преобразована в трехбалльную реакцию; то есть «Совершенно не волнуюсь», «Слегка обеспокоен» и «Скорее волновался» были объединены как «В некоторой степени обеспокоен», а последняя категория — «Чрезвычайно обеспокоена». Факторный анализ был проведен, чтобы изучить вопросы отношения и дать им факторное решение.Конструктивная валидность для пунктов области отношения была проанализирована с использованием исследовательского факторного анализа (EFA). Чтобы найти наилучшее соответствие данным, в нашем факторном анализе использовалось ортогональное (варимакс) вращение. Факторные нагрузки более 0,40 считались удовлетворительными.

Распространенность плохого самочувствия определялась с использованием порогового значения ≤50 по 100-балльной шкале благополучия ВОЗ-5 (17). Модели одномерной и многомерной логистической регрессии были разработаны для изучения факторов, связанных с плохим самочувствием среди населения в целом.Переменные были включены в многомерную модель на основе вклада в общую модель, оцененного с помощью логарифмических отношений правдоподобия -2. Были рассчитаны грубое и скорректированное отношение шансов (aOR) вместе с соответствующими 95% доверительными интервалами (CI).

Этическое разрешение

Этическое одобрение исследования было запрошено Комитетом по этике женского медицинского колледжа, Абботтабад (20204-2 CMD-ERC-20). На первой странице онлайн-формы описывалась цель исследования, и на этой странице было получено согласие всех участников.

Результаты

Всего в опросе приняли участие 1756 человек. Средний возраст участников составлял 31,5 ± 10,8 года, половина (49,9%) составляли мужчины. Более половины (58%) имели аспирантуру или профессиональную степень. Около 50% были трудоустроены, 32% — студенты, 6,2% — безработные. Среди занятых большинство (48%) имели частную работу. Самая высокая доля участников была из Хайбер-Пахтунхва (КПК) 37%, за которой следует Синд 32%. Самой распространенной финансовой поддержкой во время изоляции была заработная плата (59%), за которой следовали сбережения (15.4%). Наиболее частым хроническим заболеванием была гипертония (10,9%), тогда как распространенность любого хронического заболевания составляла 23,8% (таблица 1).

Таблица 1 . Социально-демографические характеристики участников исследования ( n = 1756).

В таблице 2 представлены отношение и беспокойство населения Пакистана по поводу COVID-19. Около 69% и 73% участников считают, что COVID-19 будет контролироваться во всем мире и в Пакистане соответственно. Семьдесят два процента считают, что избегание новостей может помочь уменьшить опасения по поводу COVID-19.Большая часть (90%) считает, что недостоверная информация в социальных сетях усиливает панику по поводу COVID-19. Около двух третей (68%) населения несколько беспокоились о том, чтобы заразиться этим заболеванием даже при принятии профилактических мер. Шесть процентов беспокоились о выживании после инфекции и отсутствии эффекта от лечения. Чуть менее половины (43%) крайне обеспокоены передачей инфекции членам семьи.

Таблица 2 . Отношение и обеспокоенность населения Пакистана по поводу COVID-19 ( n = 1756).

Перед извлечением факторов для элементов области отношения была проверена адекватность выборки, чтобы гарантировать пригодность для факторного анализа. Тест Кайзера – Мейера – Олкина (KMO) и тест сферичности Бартлетта (BTS) показали адекватную выборку. Количество факторов оценивалось с использованием собственных значений> 1 и графика осыпи, который предлагал трехфакторное решение и объяснял 57,41% общей дисперсии. Мы назвали такие факторы, как управляемость, дезинформация и страх, связанные с областями отношения к COVID-19.Один пункт был исключен, потому что он не вносил вклад в простую факторную структуру и не отвечал минимальному критерию наличия первичной факторной нагрузки 0,4 или выше (Таблица 3). Была проведена описательная статистика этих доменов. Средний балл рассчитывался следующим образом: для области управляемости (7,65 ± 1,80), для области дезинформации (8,07 ± 1,69) и для области страха (16,03 ± 4,61), соответственно, причем более высокие баллы предполагают более высокую степень достоверности к элементам определенных доменов.

Таблица 3 . Исследовательский факторный анализ элементов отношений с матрицей вращения Varimax ( n = 1,756).

Наиболее распространенные стратегии выживания для противодействия последствиям изоляции и домашнего заключения, используемые участниками, включали качественное времяпрепровождение с семьей (83%), здоровое питание (79%), полноценный сон (77%) и общение с друзьями на телефон (73%). Другие стратегии включали просмотр телевизора / фильмов, поиск духовной поддержки, работу над хобби и чтение (Таблица 4).

Таблица 4 . Стратегии преодоления, используемые участниками ( n = 1756).

Средний балл благополучия по шкале благополучия ВОЗ-5 составил 55,0 ± 24,6 из 100 баллов. Распространенность плохого самочувствия составила 41,2%. Подробные результаты по отдельным пунктам ВОЗ-5 представлены в дополнительной таблице 1.

Мы обнаружили, что принадлежность к женщине, студентка, домохозяйка, безработица, нуклеарная семья, проживание в столице провинции Синд и Исламабад (ИКТ) и хроническое заболевание в значительной степени связаны с низким уровнем благосостояния в одномерном случае. анализ.Что касается областей отношения, области управляемости и страха также были значимыми в одномерном анализе. Стратегии преодоления также были проанализированы на предмет наличия связи с плохим благополучием населения. В одномерном анализе люди, которые тренировались; проводить время с семьей; чтение; прием здоровой пищи; хороший сон; участие в социальной работе; уделять время своим увлечениям; поиск духовной поддержки; общение с семьей и друзьями по телефону в значительной степени способствовало улучшению психического благополучия.С поправкой на смешивающие эффекты других переменных в многомерной модели мы обнаружили, что у женщин риск плохого самочувствия был примерно на 35% выше, чем у мужчин, aOR 1,35 (95% ДИ: 1,04–1,75). Риск плохого благосостояния безработных был примерно на 60% выше, чем у занятых лиц, aOR 1,62 (95% ДИ: 1,02–2,59). Жители провинции Синд и ИКТ также подвергались более высокому риску плохого самочувствия по сравнению с провинцией Пенджаб: коэффициент риска 1,54 (95% ДИ: 1,10–2,16) и 1,82 (95% ДИ: 1.13–2.93) соответственно. Точно так же люди с любыми хроническими заболеваниями также подвергались более высокому риску плохого самочувствия, коэффициент риска 1,71 (95% ДИ: 1,31–2,23). Точно так же те, кто верил в управляемость, имели меньше шансов на психическое благополучие, коэффициент риска 0,88 (95% ДИ: 0,83–0,94). Те, у кого был страх, с большей вероятностью имели плохое самочувствие, aOR 1,06 (95% ДИ: 1,03–1,08). В многофакторном анализе мы также обнаружили, что люди, которые занимались спортом; проводить время с семьей; прием здоровой пищи; хороший сон; участие в социальной работе; а время, проведенное за своими хобби, в значительной степени способствовало улучшению психического благополучия.Другие факторы, такие как возраст, семейное положение, образовательный статус и тип семьи, не показали какой-либо значительной связи с благополучием (таблица 5).

Таблица 5 . Факторы, связанные с плохим самочувствием среди населения Пакистана в целом во время пандемии COVID-19 ( n = 1756).

Обсуждение

Мы провели экспресс-опрос для определения психологического воздействия пандемии COVID-19 и связанных с ней факторов на население Пакистана в целом.Эта пандемия, помимо очевидной заболеваемости и смертности, вызвала психологический стресс и неблагоприятные психические последствия для населения, которое в течение последних нескольких месяцев постоянно находится в изоляции и карантине (18). Меры изоляции и комендантского часа в Пакистане повлияли на жизнь простых людей и, как следствие, вызвали психологические проблемы. Следовательно, оценка этого психологического воздействия на население в целом имеет решающее значение для выработки политики и мер вмешательства для поддержания их психологического благополучия.Мы использовали интернет-опрос, чтобы получить доступ к участникам по всему Пакистану; это был первый веб-опрос такого рода, чтобы оценить психологическое воздействие пандемии COVID-19 и связанных с ней факторов на население Пакистана в целом.

Результаты нашего исследования показали, что около 59% участников зависели от своей заработной платы в плане финансовой поддержки в период изоляции. Это указывает на то, что 41% населения зависит от источников, на которые может повлиять изоляция.Это важно для документального подтверждения того, что Пакистан является страной с доходом ниже среднего и ограниченными ресурсами, и большая часть населения, как правило, изо всех сил пытается свести концы с концами. В это кризисное время, когда вся страна закрыта, люди, живущие за чертой бедности, подвергаются высокому риску пострадать, поскольку они в основном полагаются на поденную неформальную работу. Не существует эффективной системы защиты уязвимого населения, и поэтому федеральному правительству и правительству провинций необходимо немедленно запустить механизм и программы для выживания нашего неблагополучного населения.2 мая 2020 года федеральное правительство запустило программу Ehsaas, которая обещала предоставить финансовую помощь безработному населению (19).

Что касается стратегий выживания, принятых нашими участниками, более высокие ответы были получены за качественное времяпрепровождение с семьей дома (83%), употребление здоровой пищи (79%), достаточный сон (77%) и общение с семьей и друзьями на телефон (77%). Около двух третей участников сообщили, что искали духовную поддержку как стратегию выживания, а 42% респондентов внесли свой вклад в деятельность по социальному обеспечению.Исследование, проведенное в Карачи, Пакистан, показало, что религиозное совладание является обычным поведением у пациентов с симптомами тревоги и депрессии (20). Одно недавнее исследование, проведенное в Италии, показало, что люди увеличили использование цифровых медиа перед сном во время карантина COVID-19 (21). Поскольку неопределенность относительно периода этой пандемии высока, стратегии выживания в это депрессивное время имеют первостепенное значение (22). Наше население в целом использует это изолированное время полезными делами.Однако мы думаем, что, поскольку закрытие рабочих и других мероприятий будет продолжаться, уязвимое население будет нуждаться в психологической поддержке.

В нашем исследовании две трети респондентов надеялись, что пандемия COVID-19 будет успешно контролироваться в мире, в то время как три четверти полагали, что Пакистан также сможет контролировать эту пандемию с помощью усилий по смягчению и предотвращению. Более высокая доля была отмечена в недавнем китайском исследовании, где 90.8% считали, что COVID-19, наконец, будет успешно контролироваться, и 97,1% были уверены, что Китай может выиграть битву с вирусом (23). В нашем исследовании более двух третей респондентов (72%) считали, что отказ от просмотра новостей поможет снизить страх, связанный с COVID-19 во время этой изоляции. Вызывает тревогу тот факт, что подавляющее большинство (91%) также считают, что недостоверная информация в социальных сетях усиливает панику по поводу COVID-19. Балхи и др. В недавнем исследовании в Карачи также сообщили, что большая часть (84%) считает, что фейковые новости о COVID-19, появляющиеся в социальных сетях, вызывают панику (9).Поскольку существует избыток неподтвержденной информации, связанной с COVID-19 в социальных сетях, и существует тенденция пересылки таких сообщений или видео в круг социальных сетей (24), необходимо укрепить официальные каналы связи для просвещения. массы. Люди должны полагаться только на официальные ресурсы из официального отчета Министерства национальных правил и координации служб здравоохранения Пакистана, что поможет снизить страх и панику, связанные с пандемией.Треть участников также думали, что социальное дистанцирование станет новой нормой, и в будущем будет сложно встречаться с людьми, как раньше. Это связано со страхом и тревогой, связанными с условиями изоляции и комендантского часа, поскольку пандемия постоянно растет во всех частях мира.

Что касается опасений и тревог, то более двух третей респондентов (72%) боялись заразиться, несмотря на профилактические меры. Эта доля выше, чем среди китайского населения (54%) (25).Другое недавнее исследование, проведенное в Карачи, Пакистан, показало, что около 42% опасаются за безопасность своего здоровья, даже когда они находятся дома (9). В нашем исследовании также сообщается, что около 63% наших участников были обеспокоены тем, что они не смогут выжить, если заразятся COVID-19, что больше, чем в китайском исследовании (30%) (25). Около 90% думали, что передадут инфекцию членам своей семьи, если они заразятся. Это дополняется Balkhi et al. (9), которые сообщили, что 94% респондентов опасаются за здоровье членов своей семьи в Карачи.Напротив, в китайской популяции сообщалось о более низкой доле — 75%, связанной с восприимчивостью членов семьи (25). Беспокойство и предрасположенность по поводу заражения и передачи инфекции себе и членам семьи были выше в нашей популяции. Возможное объяснение может заключаться в том, что население не полностью соблюдало меры по смягчению последствий, принятые правительством, что привело к опасениям, связанным с распространением COVID-19.

Распространенность плохого самочувствия в нашем исследовании составила 41.2%. Этот результат был аналогичен одному из крупных китайских опросов, в котором сообщалось, что 35% респондентов испытали психологический стресс во время этой пандемии (7). Напротив, недавний онлайн-опрос в Малайзии сообщил о 72,1% умеренной и тяжелой тревоги (26), в то время как исследование, проведенное в Египте, выявило 82% симптомов легкой или умеренной тревоги во время этой пандемии (27). Различия, наблюдаемые в разных странах в отношении психологического благополучия, можно объяснить разной инфраструктурой здравоохранения, вариабельностью реагирования системы здравоохранения, а также мерами профилактики и контроля, принимаемыми против пандемии.Использование различных инструментов для оценки психологического благополучия во время этой пандемии также затрудняет сравнение результатов. Что касается факторов риска, мы обнаружили, что принадлежность к женщине, безработица, проживание в провинции Синд и ИКТ, страх перед COVID-19 и наличие каких-либо хронических заболеваний являются важными предикторами плохого благосостояния нашего населения. Исследования, проведенные в Китае, Ираке и Испании, показали, что женский пол оказался важным предиктором депрессии, беспокойства и стресса по сравнению с мужчинами во время пандемии COVID-19 (7, 28, 29).В другом систематическом обзоре также сообщалось, что женский пол более связан с психическими расстройствами (30). Wang et al. также сообщили, что мужской пол в значительной степени связан с более низкими оценками по пересмотренной шкале воздействия событий (IES-R) по сравнению с женским. Точно так же история хронического заболевания была значительно связана с более высоким IES-R (25, 31), что также значимо связано с плохим самочувствием в нашем исследовании. Возможное объяснение этих выводов состоит в том, что женщины как лица, осуществляющие основной уход в домашних хозяйствах, были перегружены рутинной домашней работой.Кроме того, они также выполняли обязанности, связанные с детьми и членами семьи мужского пола, которые застряли дома из-за изоляции. Это сделало их более уязвимыми для плохого самочувствия. Безработица также считается важным фактором, связанным с плохим самочувствием, а наличие хронических заболеваний делает человека уязвимым перед психологическими проблемами. Люди, проживающие в регионах Синд и ИКТ, имели более низкое благосостояние по сравнению с регионом Пенджаб.Это могло быть связано с различиями в социально-политической ситуации и степенью соблюдения режима изоляции. Однако это требует дальнейшего изучения. Страх заражения COVID-19 и вера в то, что он может быть передан другим членам семьи, также были в значительной степени связаны с плохим самочувствием. Недавние исследования, проведенные среди различных групп населения, также показали, что тревога и страхи, связанные с COVID-19, имеют значительную связь с психологическим стрессом и проблемами психического здоровья (32–35).

Мы также обнаружили, что стратегии выживания; упражнения во время блокировки; проводить время с семьей; прием здоровой пищи; хороший сон; участие в социальной работе; а время, проведенное за своими хобби, в значительной степени способствовало улучшению психического благополучия.Было проведено несколько исследований на выборке студентов университетов в Польше и Китае (36, 37), в которых сообщалось, что определенные стратегии выживания положительно влияют на психическое благополучие во время COVID-19.

Мы использовали стандартизированную и проверенную версию шкалы благополучия ВОЗ на урду для оценки благополучия населения. Поскольку наша анкета была на обоих языках (английском и урду), мы смогли включить тех людей, которым было неудобно отвечать на английском языке.Мы также провели факторный анализ, чтобы выделить области элементов отношения, что позволило использовать стандартизированный инструмент. Наши респонденты были из всех провинций, и мы взяли данные из всех крупных городов Пакистана. Также было справедливое распределение респондентов из всех регионов страны. Однако есть некоторые ограничения, которые необходимо учитывать. Онлайн-опрос в Интернете смог охватить в основном городское население Пакистана, поэтому мы не можем обобщить наши выводы на сельское население Пакистана.Поскольку это был онлайн-опрос, мы использовали все наши возможные контакты, чтобы пригласить население с помощью телефонных звонков, сообщений и личного общения. Произошла избыточная выборка определенной характеристики (например, младшая возрастная группа, аспиранты и участники из КПК), что привело к смещению отбора. Однако он может служить важным источником психологической оценки для образованного и молодого населения, проживающего в Пакистане. Также мы не смогли включить те слои населения, которые не пользовались приложениями социальных сетей, и те, кто был неграмотным.Тем не менее, это первое исследование в Пакистане, посвященное влиянию пандемии COVID-19 на психологическое благополучие населения Пакистана в целом, проведенное респондентами из всех регионов страны. Наконец, с помощью наших результатов политики могут разработать психологические вмешательства, которые могут минимизировать психосоциальное воздействие COVID-19, а также помочь наиболее уязвимым группам, которые подвергаются более высокому риску плохого самочувствия в результате этой пандемии. Эти результаты также могут быть применимы к другим странам со схожими социально-экономическими профилями, поскольку COVID-19 затрагивает все страны, а меры социального дистанцирования более или менее схожи во всем мире.

Заключение

Таким образом, распространенность плохого самочувствия из-за пандемии COVID-19 составила 41,2% среди нашего населения. Мы сообщили первоначальные данные о психологическом воздействии пандемии COVID-19 на население Пакистана. Прогнозирующими факторами плохого самочувствия были: женщина, безработица, жительница провинции Синд и ИКТ, страх перед COVID-19, наличие каких-либо хронических заболеваний и отсутствие стратегий выживания. Это требует развития психологической поддержки и вмешательства со стороны политиков как для населения в целом, так и для групп высокого риска.

Необработанные данные, подтверждающие выводы этой статьи, будут предоставлены авторами без излишних оговорок.

Заявление об этике

Исследования с участием людей были рассмотрены и одобрены Комитетом по этике Женского медицинского колледжа, Абботтабад (20204-2 CMD-ERC-20). Пациенты / участники предоставили письменное информированное согласие на участие в этом исследовании.

Авторские взносы

AK, FL и UR концептуализировали идею исследования, разработали методологию и контролировали все процессы.FL и UR выполнили курирование данных. AK и UR провели анализ данных. ZA, FL, AK, UR, SAb, SAr, SI и MK написали и рассмотрели черновик. Все авторы прочитали и одобрили окончательную рукопись.

Конфликт интересов

Авторы заявляют, что исследование проводилось при отсутствии каких-либо коммерческих или финансовых отношений, которые могут быть истолкованы как потенциальный конфликт интересов.

Дополнительные материалы

Дополнительные материалы к этой статье можно найти в Интернете по адресу: https: // www.frontiersin.org/articles/10.3389/fpsyt.2020.564364/full#supplementary-material

Список литературы

1. Ли Цюй, Гуань Х, Ву П, Ван Х, Чжоу Л., Тонг И и др. Динамика ранней передачи пневмонии, инфицированной новым коронавирусом, в Ухане, Китай. N Engl J Med . (2020) 382: 1199–207. DOI: 10.1056 / NEJMoa2001316

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

2. Хуанг Ц., Ван И, Ли Х, Рен Л., Чжао Дж, Ху И и др. Клинические особенности пациентов, инфицированных новым коронавирусом 2019 г., в Ухане, Китай. Ланцет . (2020) 395: 497–506. DOI: 10.1016 / S0140-6736 (20) 30183-5

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

5. Херрман Х., Саксена С., Муди Р. Содействие психическому здоровью: концепции, новые данные, практика: доклад Всемирной организации здравоохранения, Департамента психического здоровья и токсикомании в сотрудничестве с Викторианским фондом укрепления здоровья и университетом Мельбурна . Женева, Швейцария: Всемирная организация здравоохранения (2005 г.).DOI: 10.1037 / e538802013-009

CrossRef Полный текст | Google Scholar

6. Мухтар С. Психическое здоровье и психосоциальные аспекты вспышки коронавируса в Пакистане: психологическое вмешательство в кризис общественного психического здоровья. Азиатская психиатрия J . (2020) 51: 102069. DOI: 10.1016 / j.ajp.2020.102069

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

7. Цю Дж., Шен Б., Чжао М., Ван З., Се Б., Сюй Ю. Общенациональное исследование психологического стресса среди китайцев во время эпидемии COVID-19: последствия и политические рекомендации. Генеральная психиатрия . (2020) 33: e100213. DOI: 10.1136 / gpsych-2020-100213

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

8. Мэн Х, Сюй И, Дай Дж, Чжан И, Лю Б., Ян Х. Проанализируйте психологическое воздействие COVID-19 на пожилое население Китая и внесите соответствующие предложения. Psychiatry Res . (2020) 289: 112983. DOI: 10.1016 / j.psychres.2020.112983

CrossRef Полный текст | Google Scholar

10. Национальный институт демографических исследований, НП ICF. Обследование демографии и здравоохранения Пакистана, 2017-18 гг. . Исламабад, Пакистан: NIPS Pakistan и ICF (2019).

Google Scholar

11. Дин А., Салливан К., Соэ М. OpenEpi: Эпидемиологическая статистика с открытым исходным кодом для общественного здравоохранения, версия 2013 г. . Доступно на сайте: www.OpenEpi.com (по состоянию на 15 апреля 2020 г.).

Google Scholar

14. Кригер Т., Циммерманн Дж., Хаффцигер С., Убл Б., Динер С., Кюнер С. и др. Измерение депрессии с помощью индекса благополучия: еще одно свидетельство валидности индекса благополучия ВОЗ (ВОЗ-5) как показателя степени тяжести депрессии. J Аффективное расстройство . (2014) 156: 240–4. DOI: 10.1016 / j.jad.2013.12.015

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

15. Schneider CB, Pilhatsch M, Rifati M, Jost WH, Wodarz F, Ebersbach G, et al. Полезность индекса благополучия ВОЗ-5 в качестве инструмента скрининга депрессии при болезни Паркинсона. Mov Disord . (2010) 25: 777–83. DOI: 10.1002 / mds.22985

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

17.Topp CW, Østergaard SD, Søndergaard S, Bech P. Индекс благополучия ВОЗ-5: систематический обзор литературы. Психотерапия Психосоматика . (2015) 84: 167–76. DOI: 10.1159 / 000376585

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

18. Брукс С.К., Вебстер Р.К., Смит Л.Е., Вудленд Л., Уэссели С., Гринберг Н. и др. Психологическое воздействие карантина и способы его снижения: быстрый обзор доказательств. Ланцет . (2020) 395: 912–20. DOI: 10.1016 / S0140-6736 (20) 30460-8

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

19. Правительство Пакистана. Программа Ehsaas, Отдел борьбы с бедностью и социальной защиты . Доступно в Интернете по адресу: https://www.pass.gov.pk/ (по состоянию на 19 мая 2020 г.).

20. Каси П.М., Накви Х.А., Афганский АК, Хавар Т., Хан Ф.Х., Хан УЗ и др. Стили поведения у пациентов с тревогой и депрессией. ISRN Психиатрия . (2012) 2012: 128672. DOI: 10.5402 / 2012/128672

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

21.Челлини Н., Канале Н., Миони Дж., Коста С. Изменения режима сна, чувства времени и использования цифровых медиа во время изоляции от COVID-19 в Италии. Дж. Спящий режим . (2020) DOI: 10.31234 / osf.io / 284mr

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

23. Чжун Б.Л., Ло В., Ли Х-М, Чжан Кью, Лю Х-Г, Ли В.-Т и др. Знания, отношение и практика в отношении COVID-19 среди жителей Китая в период быстрого роста вспышки COVID-19: быстрый кросс-секционный опрос в Интернете. Int J Biol Sci . (2020) 16: 1745. DOI: 10.7150 / ijbs.45221

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

25. Ван С., Пан Р., Ван Х, Тан Ю., Сюй Л., Хо С.С. и др. Немедленная психологическая реакция и связанные с ней факторы на начальном этапе эпидемии коронавирусной болезни 2019 года (COVID-19) среди населения Китая в целом. Int J Environ Res Public Health . (2020) 17: 1729. DOI: 10.3390 / ijerph27051729

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

26.Вонг Л.П., псевдоним Х. Временные изменения психоповеденческих реакций на ранней стадии пандемии COVID-19 в Малайзии. J Behav Med . (2020) 51: 92–93. DOI: 10.1007 / s10865-020-00172-z

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

27. Магди Д.М., Метвалли А., Магди О. Оценка психо-поведенческих реакций сообщества во время вспышки нового коронавируса (2019-nCoV): кросс-секционное исследование. Res Square [препринт] . (2020). DOI: 10.21203 / rs.3.rs-25146 / v1

CrossRef Полный текст | Google Scholar

28. Осман Н. Депрессия, тревога и стресс во время пандемии COVID-19 в Курдистане, Ирак. Курдистан Дж. Заявление . (2020) 5: 37–44. DOI: 10.24017 / covid.5

CrossRef Полный текст | Google Scholar

29. Гонсалес-Сангино С., Аусин Б., Анхель Кастелланос М., Саис Дж., Лопес-Гомес А., Угидос С. и др. Последствия для психического здоровья на начальной стадии пандемии коронавируса 2020 года (COVID-19) в Испании. Иммунное поведение мозга . (2020) 87: 172–6. DOI: 10.1016 / j.bbi.2020.05.040

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

30. Паппа С., Нтелла В., Джаннакас Т., Джаннакулис В.Г., Папуци Е., Кацауну П. Распространенность депрессии, беспокойства и бессонницы среди медицинских работников во время пандемии COVID-19: систематический обзор и метаанализ. Иммунное поведение мозга . (2020) 88: 901–7. DOI: 10.2139 / ssrn.3594632

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

31.Ozamiz-Etxebarria N, Dosil-Santamaria M, Picaza-Gorrochategui M, Idoiaga-Mondragon N. Уровни стресса, тревоги и депрессии на начальной стадии вспышки COVID-19 в выборке населения на севере Испании. Cadernos de Saúde Pública . (2020) 36: e00054020. DOI: 10.1590 / 0102-311×00054020

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

32. Заки В.Н., Сидик М., Касим М., Аранас Б., Хакамы А., Рувайс Н. и др. Стресс и психологические последствия COVID-19 для медицинских работников. J Nat Sci Med . (2020) 3: 299–307. DOI: 10.4103 / JNSM.JNSM_86_20

CrossRef Полный текст | Google Scholar

33. Кекоевич А., Баш С.Х., Салливан М., Дави Н.К. Влияние эпидемии COVID-19 на психическое здоровье студентов бакалавриата в Нью-Джерси, кросс-секционное исследование. PLOS ONE . (2020) 15: e0239696. DOI: 10.1371 / journal.pone.0239696

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

34. Хан А.Х., Султана М.С., Хоссейн С., Хасан М.Т., Ахмед Х.У., Сикдер М.Т.Влияние пандемии COVID-19 на психическое здоровье и благополучие среди находящихся на домашнем карантине студентов из Бангладеш: кросс-секционное пилотное исследование. J Влияет на Disord . (2020) 277: 121–8. DOI: 10.1016 / j.jad.2020.07.135

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

35. Алхамис А.А., Альрашед С.А., Альзунайди А.А., Альмохимед А.С., Альджохани М.С. Психологическое воздействие пандемии COVID-19 на население Саудовской Аравии в целом. Компр Психиатрия . (2020) 102: 152192.DOI: 10.1016 / j.comppsych.2020.152192

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

36. Rogowska AM, Kuśnierz C, Bokszczanin A. Изучение тревожности, удовлетворенности жизнью, общего состояния здоровья, стресса и стилей совладания во время пандемии COVID-19 на польской выборке студентов университетов. Управление поведением Psychol Res . (2020) 13: 797–811. DOI: 10.2147 / PRBM.S266511

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

37. Нуруннаби М., Хоссейн СФАХ, Чинна К., Сундарасен С., Хошаим Х.Б., Камалудин К. и др.Стратегии преодоления тревожности учащихся во время пандемии COVID-19 в Китае: кросс-секционное исследование. F1000Рес . (2020) 9: 1115. DOI: 10.12688 / f1000research.25557.1

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

Пакистан | Мировая продовольственная программа

За прошедшие годы Пакистан стал страной с избытком продовольствия и крупным производителем пшеницы, которую он распределяет среди нуждающегося населения через различные механизмы, включая Мировую продовольственную программу (ВПП).

Однако национальное обследование питания 2018 года показало, что 36,9 процента населения сталкивается с отсутствием продовольственной безопасности . В первую очередь это связано с ограниченным экономическим доступом беднейших и наиболее уязвимых групп населения, особенно женщин, к адекватному и разнообразному питанию. Обследование также показало, что уровень недоедания находится на втором месте в регионе: 18 процентов детей в возрасте до 5 лет страдают от острого недоедания, около 40 процентов детей в той же возрастной группе имеют задержку роста и 29 процентов имеют недостаточный вес.Все показатели прикорма намного ниже допустимых уровней, только каждый седьмой ребенок в возрасте 6–23 месяцев получает питание с минимальным разнообразием рациона питания, по крайней мере, с четырьмя различными группами пищевых продуктов, и около 82% детей лишены минимального количества приемов пищи. день.

Среднее пакистанское домохозяйство тратит 50,8% ежемесячного дохода на продукты питания . Это делает их особенно уязвимыми для потрясений, в том числе высоких цен на продукты питания. Последствия изменения климата и перемещения населения усугубляют ситуацию.

В результате социальных и культурных норм и обычаев женщин и девочек сталкиваются с трудностями при получении доступа к гуманитарной помощи и услугам . Доступ девочек к образованию, особенно в районах, граничащих с Афганистаном (недавно объединившиеся районы Хайбер-Пахтунхва — КП) и Белуджистаном, остается проблемой. Между уровнем образования девочек и всеми формами недоедания существует сильная корреляция (задержка роста, истощение и недостаточный вес). По всей стране 7,3 миллиона детей младшего школьного возраста не посещают школу, 57 процентов из которых — девочки.

Работа ВПП в Пакистане согласуется с приоритетами правительства, определенными в его «Перспективе на 2025 год», и, как было дополнительно подчеркнуто в отношении недоедания и снижения показателей задержки роста премьер-министром Имраном Ханом, избранным в 2018 году. ВПП поддерживает возглавляемые правительством усилия по улучшению продовольствия и безопасность питания уязвимых сообществ в ответ на последствия повторяющихся антропогенных и климатических явлений; работать с сообществами в наиболее подверженных опасностям частях страны для повышения устойчивости; бороться с недоеданием; и создать для женщин благоприятные условия для достижения социального и экономического равенства.

ВПП также работает рука об руку с правительством Пакистана над наращиванием потенциала на национальном и провинциальном уровнях для разработки многосекторальной политики и стратегий, полностью согласованных с подходом «Расширение масштабов питания» (SUN), партнером по исследовательским инициативам в областях: продовольственной безопасности, присоединяйтесь к программам социального обеспечения за наличные и делитесь опытом по снижению риска бедствий, охране здоровья и готовности к чрезвычайным ситуациям и реагированию на них.

Восприятие причины шизофрении и последующее поведение, связанное с обращением за помощью, среди населения Пакистана — результаты поперечного исследования | BMC Psychiatry

Полиморфизм гена APOE и риск коронарного стеноза в популяции Пакистана

Генетическая изменчивость липид-регуляторных генов, особенно APOE , значительно влияет на риск ишемической болезни сердца (CAD). Это исследование было направлено на оценку связи между полиморфизмом APOE и ангиографически оцененным коронарным стенозом в пакистанской популяции.В общей сложности 695 субъектов (22,3% женщины, средний возраст = годы) с болью в груди были включены после получения письменного информированного согласия. Стеноз / степень ИБС оценивали с помощью ангиографии. Пациенты классифицировались как имеющие тяжелый стеноз (≥70%), умеренный стеноз (30–69%) и легкий стеноз (<30%). Пациенты с ИБС со стенозом ≥70% () были дополнительно классифицированы на основе наличия одного, двух или трех сосудистых заболеваний для оценки степени заболевания. Геномную ДНК из лейкоцитов выделяли с помощью набора для очистки ДНК (Qiagen) и определяли полиморфизм APOE (E2 / E3 / E4) с использованием анализов TaqMan.Шестьсот семьдесят два из 695 субъектов были успешно генотипированы. Частота носителей APOE4 (3/4 и 4/4 генотипа) была значительно выше в группе тяжелого стеноза (≥70%) по сравнению с группой легкой степени (<30%) (22,8% против 13,01%;). При множественной регрессии отношение шансов для носителей APOE4 развить стеноз ≥70% составляло 2,16 (95% ДИ: 1,29–3,79;). В заключение, наличие аллеля APOE4 является значительным фактором риска развития тяжелого коронарного стеноза (> 70%) у пакистанцев.

1. Введение

Ишемическая болезнь сердца (ИБС) — сложное и многофакторное заболевание, включающее взаимодействие как генетических факторов, так и факторов окружающей среды. Несмотря на значительное улучшение клинического ведения ИБС, она по-прежнему считается наиболее частой причиной смерти взрослых во всем мире [1]. С географической точки зрения наблюдается асимметричный характер распределения ИБС, так что, согласно прогнозам, к 2020 году бремя болезней в развивающихся странах увеличится вдвое по сравнению с 50% -ным ростом в развитых странах [2].Интегративный подход к анализу болезни как клинически, так и генетически дает возможность распутать сложные взаимодействия, лежащие в основе путей болезни. В то время как изменение образа жизни снизило уровень смертности, подход с использованием генов-кандидатов предоставил новые идеи для изучения диагностических и терапевтических подходов. Важная роль липид-регуляторных генов в патогенезе ИБС является важным аспектом исследований в течение последних многих лет [3, 4]. Аполипопротеин E (белок ApoE; ген APOE ), один из ключевых регуляторов липидного обмена, играет важную роль в захвате клетками липопротеиновых частиц, содержащих ApoE.Существует общий полиморфизм белка ApoE с тремя аллелями: APOE 2 , APOE 3 и APOE 4 , которые дифференцируются аминокислотной заменой в кодонах 112 и 158 в экзоне 4. ApoE2 имеет цистеин в обоих положениях; E3 имеет цистеин в 112 и аргинин в 158, в то время как E4 имеет аргинин в обоих положениях [5]. Эти три аллеля демонстрируют заметные вариации в распределении среди различных расовых групп и связаны с вариациями уровней холестерина в плазме в общей популяции [6].Полиморфизм APOE также связан с атеросклерозом, где аллель APOE 4 связан с повышенным риском ИБС [7, 8]. Однако эпидемиологические исследования показали противоречивую связь полиморфизма APOE с клинической ИБС [9–12].

Целью нашего исследования было выявить связь между полиморфизмом APOE и ангиографически оцененным коронарным стенозом у пакистанцев, о которой, насколько нам известно, ранее не сообщалось.

2. Материалы и методы

2.1. Субъекты

Всего 695 субъектов были зачислены в больницу Леди Ридинг, Пешавар, после получения письменного и устного согласия. Наблюдательный совет и комитет по этике Национального университета наук и технологий одобрили исследование. Исследование было разработано для включения пациентов с болью в груди или с подозрением на клиническую ишемию миокарда. Участники исследования были классифицированы как имеющие тяжелый стеноз (≥70%), умеренный стеноз (30–69%) и легкий стеноз (<30%).Пациенты с ИБС со стенозом ≥70% были дополнительно классифицированы на основе наличия одного, двух или трех сосудистых заболеваний для оценки степени заболевания. Из исследования были исключены участники с кардиомиопатией, CCF IV класса по NYHA, клапанным или врожденным пороком сердца, а также недавней коронарной ангиопластикой или коронарным шунтированием.

2.2.

Геномную ДНК выделяли из лейкоцитов с использованием набора для очистки ДНК (Qiagen, Валенсия, Калифорния). Генотипы двух однонуклеотидных полиморфизмов (SNP) APOE , rs429358 ( E 4) и rs7412 ( E 2), были определены с помощью анализов генотипирования TaqMan SNP на ABI Prism 7900HT Sequence Detection System (Life Technologies, Grand Island). , Штат Нью-Йорк).Для оценки частоты ошибок анализа 10% образцов были отобраны случайным образом и включены в качестве дубликатов в прогон генотипирования. Был только один несоответствующий образец, который был исключен из окончательного анализа. Выходы генотипов из двух SNP были преобразованы в стандартные шесть генотипов APOE (22, 23, 33, 34, 24 и 44) на основе трех аллелей ( APOE 2 , APOE 3 , и APOE 4 ) .

2.3. Статистический анализ

Различия в средних значениях возраста, индекса массы тела (ИМТ) и уровней липидов анализировали с использованием однофакторного дисперсионного анализа. Тест хи-квадрат был проведен для оценки распределения пола, курения и семейного анамнеза ИБС среди групп с тремя стенозами. Частоты аллеля APOE рассчитывали путем подсчета аллелей. Равновесие Харди-Вайнберга проверялось критерием согласия. Для анализа ассоциации между APOE и тяжестью ИБС, генотипа APOE были разделены на три группы: E2 (2/2 и 2/3 генотипа), E3 (3/3 генотипа) и E4 (3/4 и 4 /. 4 генотипа).Из-за известных противоположных эффектов аллелей APOE 2 и APOE 4 на риск ИБС, мы исключили людей с генотипом 2/4 из анализа. Тест тенденции Cochran-Armitage (C-A) был применен для анализа связи между APOE и тяжестью ИБС [13]. Множественные логистические регрессии были выполнены для определения отношения шансов (OR) после включения значительных факторов риска ИБС: пол, возраст, курение и семейный анамнез (СГ) ИБС.

3. Результаты

Всего было проанализировано 695 субъектов (22,3% женщины, средний возраст) с ангиографически оцененным стенозом. Демографические и описательные данные трех групп стеноза приведены в таблице 1. Распределение генотипов APOE и частоты аллелей представлены в таблице 2. Из 695 проанализированных субъектов мы получили окончательные вызовы генотипов для 672 образцов. Распределение генотипов APOE у 672 субъектов находилось в равновесии Харди-Вайнберга ().Шесть образцов с генотипом 2/4 были исключены () из анализа ассоциации из-за известных противоположных эффектов E2 и E4 на ИБС. Во-первых, мы оценили связь полиморфизма APOE среди 666 субъектов с процентом стеноза ИБС, оценивая характер распределения E2 (2/2 и 2/3), E4 (3/4 и 4/4) и E3. (3/3) группы генотипов среди трех категорий стеноза (<30%, 30–69% и ≥70%) (Таблица 3). В частности, тест тенденции C-A использовался, чтобы определить, увеличивается ли доля E4 или E2 линейно с уровнем тяжести CAD при сравнении с группой E3.Пропорции E4 (E3 по сравнению с E4) составляют 0,14, 0,22 и 0,24 для трех категорий стеноза (<30%, 30–69% и ≥70%), что значительно увеличивается линейно с уровнем тяжести ИБС (), в то время как доля E2 (E2 по сравнению с E3) не увеличивается линейно с уровнем распространенности ИБС. Мы дополнительно изучили влияние APOE4 на тяжесть ИБС, выполнив логистический регрессионный анализ. После корректировки по полу, возрасту, курению и семейной жизни, APOE 4 связанные OR были равны 1.61 (95% ДИ: 0,52–4,5;) и 2,16 (95% ДИ: 1,29–3,79;) в группах стеноза 30–69% и ≥70%, соответственно.

Данные об уровнях липидов в плазме (TC, HDL-c и TG) были доступны только для подгруппы субъектов (), поэтому они не рассматривались как ковариаты в основном анализе.Однако мы провели апостериорный анализ этой подгруппы людей с доступными данными об уровне липидов. Только TG показала номинально значимую разницу между тремя группами стеноза (), за которой последовала незначительная тенденция различий, наблюдаемая для TC () (Таблица 1). В модель расширенного апостериорного анализа мы включили TG и TC в качестве ковариант в дополнение к полу, возрасту, курению и СД. Скорректированный OR, связанный с группой генотипа E4 для развития стеноза ≥70%, составил 1,61 (95% ДИ: 0,59–5,23;) в этой подгруппе выборки.Для сравнения мы также провели апостериорный анализ в этой подгруппе, используя только пол, возраст, курение и СГ в качестве ковариант, как мы это делали в основном анализе, и обнаружили аналогичный результат (; 95% ДИ: 0,62–5,27;), предполагая что использование липидов в качестве ковариант в основном анализе также дало бы аналогичные результаты в общей выборке. Мы также исследовали влияние трех групп генотипа APOE , E2 (2/2 и 2/3), E3 (3/3) и E4 (3/4 и 4/4), на уровни липидов в плазме в этой подгруппе. людей, использующих пол, возраст, курение и СГ в качестве ковариант, но не обнаружили значимой связи с ОХ (), ЛПВП () и ТГ ().

Затем мы оценили связь полиморфизма APOE с количеством пораженных сосудов в группе стеноза ≥70%, но не обнаружили значимой связи (Таблица 4).

4.Обсуждение

Ишемическая болезнь сердца является серьезной проблемой общественного здравоохранения в Пакистане и считается самой распространенной причиной смерти. Каждый четвертый мужчина и женщина среднего возраста в равной степени страдает ИБС [14]. По сравнению с развитыми странами, болезни сердца у выходцев из Южной Азии изучаются лишь в ограниченных масштабах [15, 16]. Генетическая основа ишемической болезни сердца (ИБС) у пакистанцев остается неизученной областью исследований. Чтобы восполнить этот пробел в исследованиях, мы изучили связь полиморфизма APOE с ангиографически оцененным коронарным стенозом в популяции Пакистана. APOE — установленный генетический фактор риска ИБС у европейцев и других популяций [17, 18]. Мы предположили, что общий полиморфизм APOE также повлияет на риск ИБС у пакистанцев. Насколько нам известно, это первое исследование, в котором изучалась связь полиморфизма APOE с ангиографически оцененным стенозом и количеством пораженных сосудов у пакистанцев. Частота аллеля APOE 4 в нашей выборке составляла 11%, что очень похоже на его зарегистрированную частоту 9% в относительно более старой пакистанской контрольной выборке из 108 человек [19], но немного ниже средней частоты аллеля. 14% среди европейцев [20].

Различные эпидемиологические исследования показали противоречивые результаты между полиморфизмом APOE и серьезностью и распространенностью ИБС. Мы обнаружили значительную связь между APOE 4 и стенозом ИБС, как и в большинстве опубликованных исследований. Риск наличия значительной ИБС, измеренный по стенозу, был в два раза выше среди носителей APOE 4 , чем у носителей других генотипов. Однако мы не наблюдали связи между APOE 4 и количеством пораженных сосудов в нашей выборке как определяющим фактором степени заболевания.В исследовании оценки ишемического синдрома у женщин (WISE) APOE 4 было связано как с тяжестью стеноза, так и с количеством пораженных сосудов [3]. С другой стороны, в исследовании, проведенном Wang et al., Было обнаружено, что APOE 4 связан с количеством пораженных сосудов, а не со стенозом. [17]. Защитная роль APOE 2 против ИБС не наблюдалась в нашем исследовании, скорее всего, из-за его низкой частоты в этой популяции.Это согласуется с предыдущими исследованиями, в которых связь APOE 2 с CAD была обнаружена только в крупномасштабных наборах данных [5, 16]. Более того, все проведенные до сих пор мета-анализы содержали множество ковариат, и конкретная корректировка для разных ковариат была неясной [4, 10].

Ограничением нашего исследования является то, что значения холестерина и других липидов были доступны только в подгруппе людей, и в этой подгруппе полиморфизм APOE не показал никакой связи с уровнями липидов.Тем не менее, мы наблюдали ожидаемую тенденцию ассоциации уровней холестерина среди трех групп стеноза в этой подгруппе, где самые высокие уровни ОХ наблюдались в группе стеноза ≥70%, промежуточные в группе 30–69% и самые низкие в группе <30%. % группа (таблица 1). В нашем апостериорном анализе в этой подгруппе с уровнями липидов ассоциация APOE 4 с тяжестью ИБС не зависела от уровней липидов, предполагая, что мы, вероятно, увидели бы эту независимую ассоциацию в общей выборке, если бы липидные данные были доступно по всем предметам.

В случае многофакторных нарушений всегда было сложно установить механистическую взаимосвязь между конкретным аллелем и развитием заболевания. Заболевание коронарной артерии возникает в результате последовательности событий, начиная с повреждения эндотелиальных клеток, за которым следует секвестрация окисленных частиц ЛПНП, пролиферация гладкомышечных клеток и интенсивная воспалительная реакция. В дополнение к противоположному эффекту аллелей APOE 4 и APOE 2 на уровни холестерина, разные генотипы APOE также обладают различными антиоксидантными свойствами, среди которых APOE 4 является наименее антиоксидантным. 21].Кроме того, вспомогательная роль APOE в рекрутировании лимфоцитов делает его важным геном-кандидатом, ответственным за воспаление при ИБС [22]. Полиморфизм APOE с различными свойствами на клеточном уровне может предрасполагать к ИБС, используя несколько путей, которые требуют дальнейшего исследования.

5. Заключение

В заключение мы сообщаем о первом исследовании с целью оценки генетических детерминант ИБС у пакистанцев, которое подтверждает, что люди с APOE 4 имеют значительный риск развития ишемической болезни сердца в Пакистане. численность населения.

Конфликт интересов

Авторы заявляют об отсутствии конфликта интересов.

Благодарность

Авторы выражают признательность Комиссии высшего образования Пакистана за частичную поддержку этого проекта.

Оценка мутационной нагрузки сердечно-сосудистых заболеваний среди населения Пакистана

Abstract

Вредные генетические варианты, способствующие определенным заболеваниям, могут различаться по количеству и частоте аллелей от популяции к популяции в зависимости от их эволюционного фона.Здесь мы отдаем приоритет вредным вариантам из пакистанской популяции в составленном вручную списке генов, которые, как уже сообщалось, связаны с распространенными, менделевскими и врожденными сердечно-сосудистыми заболеваниями (ССЗ), с использованием данных секвенирования генома / экзома пакистанцев, публично доступных в проекте 1000 Genomes Project (PJL). ) и Консорциум агрегации экзомов (ExAC) в Южной Азии. Применяя набор инструментов, таких как Combined Annotation Dependent Depletion (CADD), ANNOVAR и Variant Effect Predictor (VEP), мы выделили 561 потенциально вредный вариант из данных PJL и 7374 варианта из данных ExAC по Южной Азии.Аналогичным образом, фильтрация из ClinVar для сердечно-сосудистых заболеваний выявила 03 патогенных и 02 вероятных патогенных варианта из PJL и 112 патогенных и 42 вероятных патогенных варианта из ExAC из Южной Азии. Сравнение производных частот аллелей (DAF) выявило, что многие из этих приоритетных вариантов имеют DAF в два раза и выше у пакистанцев, чем в других популяциях. Наибольшее количество вредных вариантов, способствующих распространенным ССЗ в порядке убывания, включает гипертензию, атеросклероз, сердечную недостаточность, аневризму и ишемическую болезнь сердца, а для менделевских и врожденных ССЗ — кардиомиопатии, сердечные аритмии и дефекты атриовентрикулярной перегородки.

Образец цитирования: Шакил М., Ирфан М., Хан И.А. (2018) Оценка мутационной нагрузки сердечно-сосудистых заболеваний у населения Пакистана. PLoS ONE 13 (2): e01. https://doi.org/10.1371/journal.pone.01

Редактор: Гианешвер Чаубей, Банаресский индуистский университет, ИНДИЯ

Поступила: 26 июля 2017 г .; Одобрена: 23 января 2018 г .; Опубликовано: 8 февраля 2018 г.

Авторские права: © 2018 Shakeel et al.Это статья в открытом доступе, распространяемая в соответствии с условиями лицензии Creative Commons Attribution License, которая разрешает неограниченное использование, распространение и воспроизведение на любом носителе при условии указания автора и источника.

Доступность данных: Все соответствующие данные находятся в документе и его файлах с вспомогательной информацией.

Финансирование: Эта работа была поддержана Комиссией высшего образования Пакистана, www.hec.gov.pk, PIN: 213-54240-2BM2-123 (MS).Финансирующие организации не играли никакой роли в дизайне исследования, сборе и анализе данных, принятии решения о публикации или подготовке рукописи.

Конкурирующие интересы: Авторы заявили, что никаких конкурирующих интересов не существует.

Введение

Сердечно-сосудистые заболевания (ССЗ) являются основной причиной смерти во всем мире, на их долю приходится более 31% всех смертей в мире по оценкам 2012 года. Основная доля приходится на страны с низким и средним уровнем дохода, такие как Пакистан [ 1].Всемирная организация здравоохранения сообщила о 6,34 млн лет жизни с поправкой на инвалидность (DALY) из-за ССЗ в Пакистане за период 2000–2012 гг., Что составило 19,6% бремени неинфекционных заболеваний в стране [2]. Высокая распространенность и последующая смертность от ССЗ обусловлены наследственными факторами и факторами окружающей среды. Наследственный компонент является полигенным и является результатом сложного взаимодействия многих генов, что повышает риск развития сердечно-сосудистых заболеваний [3].

Доступность больших наборов данных последовательностей ДНК в масштабе популяции, таких как «Проект 1000 геномов» [4] и Консорциум агрегации экзомов (ExAC) [5], позволили исследователям изучить частоту вариантов отдельных локусов в разных популяциях и выделить те, которые связаны с местной адаптацией. и восприимчивость к болезням.Обнаружение огромного количества редких популяционных или индивидуальных специфических вариантов (MAF <0,5%) в этих проектах секвенирования генома важно для оценки их вклада в восприимчивость и возникновение заболеваний [6, 7]. По сравнению с обычными вариантами, эти редкие варианты с большей вероятностью встречаются в эволюционно ограниченном участке белков, которые сохранялись консервативными из-за их функциональной важности. Такие редкие варианты влияют на состав белков более разрушительным образом, нарушая или устраняя их функцию и влияя на некоторый фенотип [8].Скорость появления и распространения таких вредных вариантов в популяциях важна для определения закономерностей лежащей в основе генетической нагрузки заболеваний, поскольку повышенное накопление генетической нагрузки болезней из-за неслучайной сегрегации вредоносных вариантов настолько пагубно, что фиксация или близость -фиксация этих мутаций может сыграть значительную роль в исчезновении изолированных популяций с малым эффективным размером популяции [9, 10].

Влияние генетических вариантов на предрасположенность или начало заболевания можно оценить двумя способами с использованием данных секвенирования ДНК: либо путем скрининга внесенных в каталог вариантов, вызывающих заболевание, которые уже связаны с определенным заболеванием, с помощью исследований методом случай-контроль, либо с установлением приоритета вредоносных вариантов, которые ранее не были связаны с заболеваниями, прогнозируя их повреждающее действие [11].Инструменты прогнозирования эффекта варианта используют доступную информацию, такую ​​как степень сохранения в сайте варианта и тип изменения в составе белка, или его связь с регуляторными особенностями, а затем предсказывают возможную вредоносность рассматриваемых вариантов [12]. Как было подсчитано ранее, в среднем здоровый человек несет 281–515 миссенс-замен, из которых 40–85 в гомозиготном состоянии, которые, по прогнозам, являются повреждающими и вызывают заболевания [11]. Наличие таких вредных вариантов у здоровых людей без явных симптомов заболевания может быть связано с тем, что эти варианты присутствуют в гетерозиготном состоянии, особенно для тех, которые связаны с аутосомно-рецессивными расстройствами, имеют низкую пенетрантность или связаны с поздним началом заболевания. .По данным полногеномных ассоциативных исследований (GWAS), сотни общих генетических вариантов уже были отнесены к распространенным ССЗ, таким как гипертония, гиперхолестеринемия и ишемическая болезнь сердца. Аналогичным образом генетический скрининг также выявил множество редких вариантов, связанных с менделевскими ССЗ, таких как кардиомиопатии и аритмии. Общие варианты несут небольшой совокупный риск в начале болезни. Было выдвинуто предположение, что редкие вредоносные варианты оказывают больший эффект на эти сложные заболевания [13].Количественная оценка мутационной нагрузки при определенных заболеваниях обеспечивает основу для понимания общего влияния популяционного анамнеза на пагубную изменчивость.

Южная Азия — один из самых густонаселенных регионов, в котором проживает примерно четверть населения мира [14]. Этот регион сталкивается с серьезным социально-экономическим неравенством, ведущим к серьезным проблемам со здоровьем [15]. Крупномасштабные этнографические исследования показали, что выходцы из Южной Азии подвержены большему риску сердечно-сосудистых заболеваний, чем представители других национальностей [16, 17].На сердечно-сосудистые заболевания приходится 27% смертей в этом регионе мира, что вызывает тревогу [18]. Стандартизованное по возрасту количество лет жизни, потерянных из-за ССЗ, увеличилось в Южной Азии по сравнению с другими регионами. Заболеваемость острым инфарктом миокарда возникает примерно на шесть лет раньше, чем в западных странах [19]. Точно так же риск и распространенность ишемической болезни сердца также значительно выше у жителей Южной Азии, чем у европейцев [20].

Пакистан, 2-я по величине страна Южной Азии и 6-я по величине страна мира (население 193.2 миллиона) [14], также сталкивается с серьезными проблемами со здоровьем. По оценкам, каждый пятый взрослый среднего возраста может иметь субклиническую болезнь коронарных артерий [21]. В одном исследовании сообщалось, что распространенность ишемической болезни сердца среди местного сельского населения составляет 11,2% [22]. В силу социально-демографических перспектив в этом регионе довольно распространены кровнородственные браки [23], которые, возможно, являются причиной высокой распространенности генетических нарушений, в том числе сердечно-сосудистых заболеваний [24]. В этом сценарии данное исследование направлено на оценку основного мутационного бремени сердечно-сосудистых заболеваний у населения Пакистана.Для этой цели мы используем общедоступные геномные данные пакистанского населения (пенджаби из Лахора; PJL) в проекте «1000 геномов» и жителей Южной Азии (SAS) в ExAC, который преимущественно содержит образцы из Пакистана в качестве когорты пакистанского риска заражения. Исследование инфаркта миокарда (ПРОМИС) [25]. Для количественной оценки мутационной нагрузки мы применили два подхода: фильтрацию вариантов, которые, как уже сообщалось, были связаны с сердечно-сосудистыми заболеваниями в базе данных ClinVar, и путем прогнозирования функционально вредных вариантов с использованием инструментов прогнозирования эффектов вариантов.В этом анализе мы определили соответствие мутационной нагрузки сердечных заболеваний между двумя наборами данных, то есть 1000 Genomes Project PJL и ExAC SAS. Мы сравнили частоты аллелей вариантов, связанных с этими заболеваниями, чтобы понять их значение для оценки сердечно-сосудистого генетического риска в пакистанской популяции по сравнению с другими континентальными популяциями.

Методология

я. Составление списков генов

Гены, которые, как сообщается, связаны с обычными, менделевскими и врожденными сердечно-сосудистыми заболеваниями, были получены в основном из трех баз данных: онлайн-менделевское наследование у человека (OMIM) [26], ClinVar [27] и Структура аннотаций онтологий болезней (DOAF) [ 28].Полный список заболеваний в этих базах данных был доступен и отфильтрован по сердечно-сосудистым заболеваниям с использованием нескольких терминов, связанных с сердечно-сосудистыми заболеваниями, таких как «кардио», «сердце», «сердце», «коронарная болезнь», «кардиомиопатия», «миокард», «аневризма». , «артериопатия», «атеросклероз», «дефект перегородки», «несуплотнение перегородки», «тетралогия фаллота», «предсердие», «артериальная гипертензия», «синдром QT», «гиперхолестеринемия», «гипертриглицеридемия» и некоторые вручную выбранные сердечные заболевания. Эти термины также сравнивались с терминами в базе данных «Онтология фенотипов человека» [29] и Международной классификации болезней ВОЗ (МКБ-10).После ручного лечения с помощью обзора литературы и уточнения с помощью базы данных GeneCards [30] были подготовлены три списка генов, относящихся к трем категориям сердечно-сосудистых заболеваний: один для общих сердечно-сосудистых заболеваний (n = 895 генов), таких как гипертония, атеросклероз, ишемическая болезнь сердца и сердечная недостаточность, вторая — для менделевских ССЗ (n = 320 генов), таких как кардиомиопатии, сердечная аритмия, синдромы QT и фибрилляция предсердий, и третья — для врожденных сердечно-сосудистых заболеваний (n = 62 гена), таких как врожденные пороки сердца и дефекты межжелудочковой перегородки.Списки выбранных генов, связанных с распространенными, менделевскими и врожденными ССЗ, приведены в таблице S1. Эти три категории ССЗ перекрывают несколько генов (рис. 1). Термины генной онтологии, к которым принадлежат эти окончательно сокращенные гены, были определены с помощью базы данных UniProt Gene Ontology Annotation для версии 2.0 человека [31] и нанесены на график с помощью онлайн-инструмента Gene Ontology Tool «BGI WEGO» [32].

ii. Набор данных

Два набора данных использовались для оценки мутационной нагрузки сердечно-сосудистых заболеваний у населения Пакистана, т.е.е., данные фазы 3 проекта «1000 геномов» и данные ExAC release 0.3. Данные о вариантах для пакистанской популяции PJL (n = 96 человек) были извлечены из данных проекта «1000 геномов» с помощью VCFtools [33]. Эти данные здоровых людей были использованы для оценки мутационной нагрузки обычных, менделевских и врожденных ССЗ. Из базы данных ExAC были извлечены генетические вариации, относящиеся к выходцам из Южной Азии (n = 8 276), и они были использованы в качестве пакистанских данных, поскольку они преимущественно содержали пакистанцев (n = 7 078) в рамках исследования риска инфаркта миокарда в Пакистане.Эти данные использовались для мутационной нагрузки менделевских и врожденных ССЗ только потому, что они уже содержали когорту распространенных сердечных заболеваний, таких как гипертония, гиперхолестеринемия и ишемическая болезнь сердца, помимо здоровой контрольной группы [25].

iii. Трубопровод анализа

Мы разработали конвейер для вычислительного анализа для определения прогнозируемых вредных эффектов генетических вариантов на основе функциональных аннотаций и оценки их распространенности с использованием общих инструментов биоинформатики (рис. 2).Координаты выбранных генов, участвующих в сердечно-сосудистых заболеваниях, были получены из GENCODE release 19 (gencode.v19.annotation.gtf), который является окончательной сборкой GENCODE, сопоставленной с эталонной сборкой GRCh47 человека [34]. Чтобы охватить промоторные области этих генов в анализе, 2000 было вычтено из начального положения гена (восходящая область) и 2000 было добавлено к конечному положению гена (нижнее положение). Чтобы выделить варианты соответствующих генов bcftools-1.2.1 был использован. Для текущего анализа для определения приоритетов использовались только SNV. Чтобы определить функциональное влияние вариантов подмножества на структуру и функцию белков, были использованы три широко используемых инструмента, а именно: Combined Annotation Dependent Depletion (CADD) [35], PolyPhen-2 [36] и Sorting Intolerant from Tolerant ( SIFT) [37]. Эти инструменты используют подход машинного обучения для прогнозирования эффекта вариантов на основе ряда факторов, включая множественное выравнивание последовательностей белков, особенности, основанные на последовательностях и структурах, и сохранение всех доступных гомологичных последовательностей [38].Наш подход заключался в том, чтобы отдавать приоритет миссенс (несинонимичным) вариантам, предпочтительно с низкой и редкой частотой аллелей, потому что исследования показали, что варианты с низкой и редкой частотой аллелей в большей степени функционально влияют на белки, в результате чего они связаны со сложными фенотипами. / нарушения, связанные с изменением состава белков [39]. Аннотации вариантов с помощью CADD выполнялись с использованием собственного Perl-скрипта (Supporting Information Script 1), а аннотации с помощью SIFT и PolyPhen-2 выполнялись с помощью ANNOVAR [40].Мы сохранили несколько жесткие критерии для фильтрации вредоносных вариантов, так что SNV считался « функционально вредным », для которого оценка PolyPhen-2 HDIV была> 0,957, оценка SIFT была <0,05, а оценка по phred-подобной CADD была 15 или выше. (т.е. ≤ 1% наивысших баллов в процентиле). Мы назвали такие отфильтрованные SNV "предсказанными вредоносными SNV" (dSNV). Наследственные и производные состояния вредных вариантов были получены из онлайн-инструмента аннотации CADD, который использует геном предков человека и шимпанзе из множественных выравниваний Ensembl EPO [41].

Рис. 2. Процесс анализа для определения вредоносных вариантов, связанных с сердечно-сосудистыми заболеваниями, у населения Пакистана с использованием баз данных 1000 Genomes Project PJL и ExAC SAS.

(PJL = панджаби в Лахоре, Пакистан, ExAC SAS = Консорциум агрегирования агрегации экзома в Южной Азии).

https://doi.org/10.1371/journal.pone.01.g002

iv. Сравнение вариантов по мировым популяциям

Популяционные частоты аллелей предсказанных вредоносных вариантов были получены с помощью аннотации на основе фильтров с помощью ANNOVAR с использованием файлов частот данных 1000 Genomes и ExAC.Сравнение частот аллелей для двух наборов данных (данные «1000 геномов» и «ExAC») проводилось независимо из-за разницы в их структуре данных. Полученные частоты аллелей прогнозируемых вредоносных вариантов сердечно-сосудистых заболеваний у пакистанских лиц, участвовавших в проекте «1000 геномов», сравнивали со всеми пятью основными группами населения, т.е. южноазиатскими (SAS), европейскими (EUR), смешанными американскими (AMR), африканскими (AFR), Выходцы из Восточной Азии (EAS) и население Юго-Восточной Азии «малайцы» [42].Аналогичным образом полученные частоты аллелей предсказанных вредоносных вариантов в данных ExAC в южноазиатской популяции сравнивались со всеми четырьмя популяциями тех же данных, т.е. Восточноазиатский (EAS).

Чтобы найти популяционную генетическую дифференциацию в отношении сердечно-сосудистых заболеваний, были рассчитаны попарные значения Weir and Cockerham F _ST [43] для данных 1000 геномов с использованием VCFtools.Для этой цели использовались два подхода: расчет F _ST для всех генов, которые содержали предсказанные вредоносные SNV в этом анализе, и только для вредоносных SNV, которым был отдан приоритет. Аналогичным образом, родство популяций, основанное на вредоносности, которую они представляют для сердечно-сосудистых заболеваний, было оценено с помощью анализа главных компонентов (PCA) с использованием инструмента PLINK (v1.90b3.30) [44] и подтверждено smartpca EIGENSOFT (версия 3.0) [45] ].

v.Поиск вариантов в базе данных ClinVar

Аннотации вариантов в наборе генов, относящихся к сердечно-сосудистым заболеваниям, были выполнены с использованием выпуска данных ClinVar 20160104 [27]. Частоты аллелей вариантов ClinVar, присутствующих у пакистанцев, были получены с помощью аннотации ANNOVAR как для популяций 1000 геномов, так и для популяций ExAC, как описано выше. Для сравнения частот аллелей среди популяций были отобраны только те варианты со значением ClinVar «Патогенный» и «Вероятный_патогенный».

Результаты

я. Генная онтология

Группирование исследуемых генов в соответствии с их биологической ролью было выполнено с использованием базы данных UniProt Gene Ontology Annotation [31], которая показала, что большинство генов в первую очередь участвуют в связывании, катализе и молекулярной трансдукции в ряде биологических процессов, таких как как биологическая регуляция, формирование анатомической структуры, организация и генезис клеточного компартмента, процесс развития, метаболический процесс, организменный процесс и т. д.(S1 Рис). Онтология генов показывает, что многие гены также связаны со структурными процессами сердца, отражающими анатомическую природу сердечных заболеваний.

ii. Мутационная нагрузка сердечно-сосудистых заболеваний

Все SNV в интронных, экзонных и фланкирующих регуляторных регионах наших исследуемых генов, извлеченные из данных 1000 Genomes Project PJL и ExAC SAS, были проанализированы на мутационную нагрузку с применением нашего конвейера анализа (Таблица 1). Мы рассчитали пропорции синонимичных, несинонимичных, вредных несинонимичных и гомозиготных вредоносных SNV из двух наборов данных.Доли несинонимичных экзонных SNV (несинонимичные SNV / экзонные SNV) и вредных несинонимичных SNV (вредоносные nSNV / несинонимичные SNV) были выше в ExAC SAS, чем в 1000 Genomes Project PJL (0,64 против 0,51 и 0,26 против 0,16 соответственно). С другой стороны, доля синонимичных SNV и гомозиготных вредоносных SNV была выше в 1000 Genomes Project PJL, чем в ExAC SAS (0,45 против 0,35 и 0,12 против 0,04 соответственно) (S2 Рис). После применения инструментов прогнозирования, как описано в конвейере анализа, 561 комбинированно предсказанные вредоносные SNV были отнесены к приоритетным для общих, менделевских и врожденных ССЗ из данных 1000 Genomes Project PJL, в то время как 7374 комбинированно предсказанных вредных SNV для менделевских и врожденных ССЗ были взяты из данных ExAC SAS. (Рис 3).На основании этих результатов из двух наборов данных, мутационная нагрузка была выше для обычных ССЗ, чем для менделевских и врожденных ССЗ в пакистанской популяции. Наибольшее количество вредных вариантов, способствующих распространенным ССЗ в порядке убывания, включало гипертензию, атеросклероз, сердечную недостаточность, аневризму и ишемическую болезнь сердца, а при менделевских и врожденных сердечно-сосудистых заболеваниях — кардиомиопатии (дилатационные и гипертрофические), сердечные аритмии и дефекты атриовентрикулярной перегородки.

Таблица 1.Количество вариантов, выделенных из двух наборов данных в координатах наших наборов генов сердечно-сосудистых заболеваний.

Мутационная нагрузка вредоносных SNV на человека оказалась выше для обычных ССЗ, чем для менделевских или врожденных ССЗ.

https://doi.org/10.1371/journal.pone.01.t001

Рис. 3. Диаграмма Венна, показывающая количество SNV, предсказываемых как вредоносные SIFT, Polyphen-2 и CADD в генах, связанных с сердечно-сосудистыми заболеваниями в этой учиться.

Рассматривая phred-подобный (масштабированный) балл 15 как вредный, CADD предсказывает, что наибольшее количество вариантов будет вредным из-за включения некодирующих вариантов.

https://doi.org/10.1371/journal.pone.01.g003

iii. Фильтрация вариантов в ClinVar

Фильтрация нашего набора вариантов на основе патогенности в базе данных ClinVar выявила несколько вариантов, связанных с менделевскими и врожденными сердечно-сосудистыми заболеваниями.В популяции PJL 1000 Genomes Project было 03 варианта со значением ClinVar «Патогенный» и 02 варианта со «вероятным патогенным» значением для ССЗ (таблица S2, лист A). Три патогенных SNV (rs201654872, rs115372595 и rs201680145) способствуют развитию дилатационной кардиомиопатии, дефекта атриовентрикулярной перегородки и церебральной аутосомно-доминантной артериопатии соответственно. Аннотация с помощью онлайн-инструмента VEP показала, что два патогенных миссенс-SNV rs201654872 [Val / Met] и rs201680145 [Arg / Cys] связаны с сайтом фактора связывания CCCTC (CTCF_binding_site).CTCF_binding_sites являются основными детерминантами дальнодействующих взаимодействий (зацикливания) хроматинов, которые изменяют экспрессию генов [46]. Третий патогенный миссенс-SNV rs115372595 [Ala / Val] также связан с регуляторной областью (областью открытого хроматина). Открытые сайты хроматина, как правило, располагаются рядом с сайтом начала транскрипции и играют роль в экспрессии генов, совпадающую с сайтами связывания CTCF [47]. Два «вероятных патогенных» варианта (rs193

9 и rs77613865) способствуют возникновению аритмогенной кардиомиопатии правого желудочка и гипертрофической кардиомиопатии соответственно.Миссенсный SNV rs193

9 вызывает замену Arg / His в десмоплакине, тогда как rs77613865 является вариантом области сплайсинга и также связан с открытой областью хроматина, влияющей на экспрессию миомезина 1 ( MYOM1) . С другой стороны, в данных ExAC по Южной Азии было отфильтровано 112 «патогенных» SNV, 42 «вероятных патогенных» SNV (таблица S2, лист B). В целом 73 (47,4%) отфильтрованных SNV относились к различным формам кардиомиопатий, 38 (26,68%) были связаны с синдромом Long_QT, а 8 (5.19%) к разным формам предсердно-желудочковых дефектов. Также было отмечено, что 31 SNV имеет множественное значение для более чем одного типа менделевских или врожденных ССЗ. При сравнении частот аллелей отфильтрованных вариантов было выделено 11 вариантов, у которых частота аллелей значительно выше в SAS, чем в других популяциях (Таблица 2). Функциональные последствия с онлайн-инструментом VEP показали 13 вариантов с эффектом потери функции (LoF) и 23 варианта регуляторной области (таблица S2, лист B). Мы выделили геномные местоположения генов, несущих варианты ClinVar, связанные с распространенными, менделевскими и врожденными ССЗ в пакистанской популяции (рис. 4).Были обнаружены локусы различных генов, таких как SCN5A на хромосоме 3, KCNQ1 и MYBPC3 на хромосоме 11, MYH6 и MYH7 на хромосоме 14 и KCNE1 и KCN на хромосоме и KCN. для клинически значимых вариантов.

Рис. 4. Геномное положение генов, несущих варианты, связанные с сердечно-сосудистыми заболеваниями, согласно фильтрам из базы данных ClinVar.

Кружки одного цвета рядом с хромосомами обозначают один ген.Размер круга соответствует количеству связанных вариантов в этом гене. В локусах хромосом 3, 11, 14 и 18 больше вариантов, имеющих клиническое значение для сердечно-сосудистых заболеваний.

https://doi.org/10.1371/journal.pone.01.g004

iv. Сравнение полученных частот аллелей предсказанных вредоносных вариантов в континентальных популяциях

Полученный частотный спектр аллелей всех SNV и вредоносных SNV в нашем наборе генов сердечно-сосудистых заболеваний, отфильтрованных из данных PJL 1000 Genomes Project и данных ExAC в Южной Азии, показал, что большинство вредоносных вариантов имели редкую аллельную частоту.Доля повреждающих SNV по частоте общего аллеля (AF> 5%) составила 11,59% в 1000 Genomes Project PJL для общих, менделевских и врожденных ССЗ, в то время как она была обнаружена только 00,62% для менделевских и врожденных ССЗ по ExAC SAS (рис. 5). Сравнение полученных частот аллелей предсказанных вредоносных SNV проводилось с другими основными группами населения в пределах их соответствующего набора данных. Это сравнение выявило два важных вывода: (а) степень частных и общих вредоносных SNV между пакистанцами и другими популяциями и (б) количество вредоносных SNV с более высокой производной частотой аллелей в пакистанской популяции (или в Южной Азии, если данных ExAC), чем в других популяциях.Было отмечено, что степень совместного использования вредоносных SNV различалась в разных группах населения. В целом, 33,16% предсказанных вредоносных SNV были частными для PJL в данных 1000 Genomes Project, полученные частоты аллелей которого варьировались от 0,0052 до 0,0260, в то время как 66,84% SNV были общими с производными частотами аллелей в диапазоне от 0,0052 до 0,7968. Таким образом, было очевидно, что среди предсказанных вредоносных SNV частная доля содержала только редкие варианты (DAF <0,5%), в то время как общая доля содержала оба редких (47.50%) и распространенные варианты (52,50%) в этой категории. С другой стороны, согласно анализу данных ExAC, большая часть вредоносных SNV (т.е. 56,64%) была частной для SAS, в то время как 43,36% вредоносных SNV были общими с другими популяциями. Среди общих вредоносных SNV доля тех, у кого была более высокая частота производных аллелей в пакистанской популяции, оказалась выше во всех пяти сравнениях, проведенных в популяциях 1000 Genomes Project. Принимая во внимание, что для данных ExAC, доля общих вредных SNV с более высокой производной частотой аллелей в SAS была больше, чем только у нефинских европейцев (таблица 3).Интересно отметить, что доля общих вредных SNV менделевских и врожденных ССЗ с другими популяциями (данные ExAC) была меньше, чем доля общих вредных SNV общих, менделевских и врожденных ССЗ (данные проекта 1000 Genomes Project), за исключением сравнения с европейское население (S3 рис.). Это сравнение также показало, что было сравнительно меньше различий в производных частотах аллелей большинства вредоносных SNV между 1000 Genomes Project PJL и остальными южноазиатскими популяциями 1000 Genomes Project, однако в некоторых случаях значительная разница до 5.В 2 раза выше не наблюдалось. Максимальная разница в частотах производных аллелей общих вредоносных SNV с американцами была в 22,32 раза выше в PJL, для европейцев в 41,67 раза выше в PJL, тогда как большая разница в частотах наблюдалась у африканцев и жителей Восточной Азии, где максимальная разница частот полученных аллелей была рассчитана для быть в 72,19 раза выше в PJL (рис. 6) (таблица S3, лист A). Было обнаружено, что медиана DAF была выше в PJL по сравнению с популяциями SAS, EAS, AMR и AFR, в то время как она была ниже в PJL по сравнению с популяциями EUR (S4, рис.).Аналогичным образом, для сравнения частоты производных аллелей ExAC SAS наибольшая разница наблюдалась с NFE, то есть на 1098 таймеров выше в SAS. Максимальная разница для других популяций ExAC была в 858 раз, чем EAS, в 347 раз, чем AFR, в 290 раз, чем AMR, и в 64 раза, чем в популяциях FIN (S3 Таблица, лист B).

Рис. 5. Частотный спектр аллелей (AFS) всех и вредоносных SNV в генах, связанных с сердечно-сосудистыми заболеваниями.

A. Все SNV в 1000 геномах PJL, B. Вредные SNV в 1000 геномах PJL. C. Все SNV в ExAC SAS, D. Вредные SNV в ExAC SAS. В обычных бункерах DAF больше вредоносных SNV (> 5%) в 1000 Genomes PJL, чем в ExAC SAS.

https://doi.org/10.1371/journal.pone.01.g005

Таблица 3. Доля общих вредоносных SNV (sdSNV) с другими популяциями 1000 Genomes Project и ExAC.

Доля sdSNV с более высоким DAF в PJL была выше во всех попарных сравнениях популяций.С другой стороны, из сравнения ExAC_SAS с другими популяциями, доля sdSNV с более высоким DAF в SAS была больше, чем только NFE (нефинские европейцы), в то время как она была меньше, чем AMR (американцы), AFR (африканцы). , EAS (выходцы из Восточной Азии) и FIN (финны).

https://doi.org/10.1371/journal.pone.01.t003

Рис. 6. На основе общих предсказанных вредоносных SNV сравнительное распределение частот аллелей в пакистанской популяции по сравнению со всеми пятью группами проекта «1000 геномов».

Варианты на диагональной линии имеют почти равные DAF в обеих сравниваемых популяциях, тогда как варианты справа от диагональной линии имеют более высокий DAF в PJL, а варианты слева от диагональной линии имеют более высокий DAF в другой популяции, будучи в сравнении.

https://doi.org/10.1371/journal.pone.01.g006

v. Функциональные последствия вредоносных вариантов

Затем мы сгруппировали вредные варианты обоих наборов данных в соответствии с их функциональными последствиями, чтобы указать варианты LoF, включая «stop_gained», «stop_lost», «start_lost», «изменение сдвига кадра» и «варианты донора или акцептора сращивания», которые обладают наиболее разрушительное воздействие на структуру и функцию белков [48] при использовании онлайн-инструмента Variant Effect Predictor [49].Анализ выявил 03 варианта LoF у 1000 индивидуумов Genomes Project PJL, из которых 2 находились в гомозиготном состоянии. К ним относятся гомозиготный «rs2228570» (старт потерян), гетерозиготный «rs371316552» (стоп-усиление) и гомозиготный «rs117054298» (вариант акцептора сплайсинга). Полученная частота аллеля «rs2228570» оказалась довольно высокой в ​​популяции PJL, то есть 79,68%. Сравнение частоты производных аллелей этого варианта с глобальными популяциями показало, что он преобладает почти во всех популяциях с более высокими частотами в диапазоне от 51.73% американцев до 81,09% африканцев. Этот вариант находится в рецепторе витамина D ( VDR ), 6 из 9 транскриптов которого, как было обнаружено, подвержены мутации LoF, и связан со многими болезненными состояниями, включая гипертонию [50, 51]. SNP «rs371316552» принадлежит катепсину B ( CTSB ), повышенная экспрессия которого, как сообщается, представляет риск атеросклероза и инфаркта миокарда на моделях крыс [52]. Третий SNP LoF «rs117054298» принадлежит белку-1, связывающему инсулиноподобный фактор роста (IGF) ( IGFBP1 ), чей сайт сплайсинга одного транскрипта ENST00000457280 нарушен и способствует развитию атеросклероза [53].Аналогичным образом, 30 вариантов LoF были обнаружены у ExAC южных азиатов, из которых 2 находились в гомозиготном состоянии (таблица S4).

vi. Дифференциация вредоносных вариантов

Данные проектов секвенирования полного генома / экзома могут быть использованы для определения степени дифференциации между популяциями на основе различий в частотах аллелей несинонимичных вариантов. Присутствие вариантов с сильно дифференцированными частотами среди популяций дает направление для точного картирования сигналов локальной адаптации, а также восприимчивости к заболеваниям [54].В этом исследовании дифференциация была определена путем расчета Weir and Cockerham F _ST двумя способами: (1) расчет F _ST для PJL по сравнению с другими популяциями Южной Азии (SAS) в рамках проекта 1000 Genomes Project с использованием всех SNV в генах. наличие отфильтрованных вредоносных SNV для сердечно-сосудистых заболеваний и (2) расчет F _ST для PJL по сравнению со всеми другими популяциями в проекте «1000 геномов». F _ST , рассчитанный для популяций PJL по сравнению с SAS, показал среднее значение F _ST , равное 0.00134, тогда как среднее значение F _ST для вредоносных SNV было рассчитано как 0,00638, что в 4,76 раза выше, чем среднее значение F _ST для всех SNV. Две вредоносные SNV (rs560826688 и rs563254260) были обнаружены умеренно дифференцированными (F _{, ST} , значение 0,05–0,15) от других южноазиатских популяций, занимающих значительно более высокий уровень выше 1% во всех SNV, т.е. на вершине 0,11% и 0,29% соответственно (рис. 7). . Полученная частота аллеля rs560826688 составляет 0,031 и принадлежит LRP5 , участвующему в гипертонии [55], а полученная частота аллеля rs563254260 равна 0.026 и находится в SERPINF1 , который относится к ожирению и гипертонии [56]. В дополнение к этому, один высокодифференцированный (F _ST значение 0,15–0,25) SNV rs539962979 со значением F _ST 0,16597 также наблюдался в DMPK , который, как сообщается, участвует в кардиомиопатии [57]. Аналогичным образом, F-статистика, выполненная для PJL по сравнению со всеми другими популяциями проекта 1000 Genomes Project, показала сравнительно более высокую дифференциацию, чем с популяциями SAS, где среднее значение F _ST равно 0.0031 для всех SNV и 0,0392 для вредоносных SNV. Пропорции умеренно, высоко и строго дифференцированных SNV рассчитывались в пулах вредоносных SNV и всех SNV отдельно. Это сравнение показало, что вредоносный пул имел более высокую долю умеренно дифференцированных SNV (S5, рис.). Помимо этого, также наблюдались 08 высокодифференцированных и 02 сильно дифференцированных вредоносных SNV (таблица S5).

Рис. 7. Манхэттенский график для парных значений F _ST между PJL и другими южноазиатскими популяциями проекта «1000 геномов».

График предназначен для выбранных генов, которые содержат вредоносные SNV для сердечно-сосудистых заболеваний, как это было отфильтровано в этом анализе. Горизонтальные линии в положениях 0,05 и 0,15 оси ординат представляют границы менее дифференцированных (F _ST <0,05), умеренно дифференцированных (F _ST 0,05–0,15) и высокодифференцированных (F _ST 0,15–0,25) . Два вредоносных SNV, которые умеренно дифференцируются в PJL, выделены красным.

https: // doi.org / 10.1371 / journal.pone.01.g007

Наблюдаемая разница в частотах аллелей и вычисленные значения F _ST функционально предсказанных вредоносных SNV между PJL и остальными глобальными популяциями дали ключ к стратификации мировых популяций на основе мутационная нагрузка сердечно-сосудистых заболеваний. Итак, анализ главных компонентов был проведен для вредоносных SNV и всех SNV нашего набора генов из данных 1000 Genomes Project. Анализ со всеми SNV с низкой и редкой частотой аллелей нашего набора генов (DAF ≤ 5.0%) показали, что все популяции сгруппированы вместе, в то время как африканские популяции составляют отдельную группу (рис. 8A). Анализ с низкими и редкими вредоносными SNV показал, что все популяции сгруппированы в одном месте, в то время как PJL рассеивается от них (рис. 8C). Точно так же PCA со всеми SNV общей частоты аллелей (DAF> 5,0%) нашего набора генов предполагал три отдельные группы мировых популяций, в которых популяции Южной Азии, Европы и Америки представляли собой одну группу. Африканское население и население Восточной Азии сгруппированы отдельно в этом анализе (рис. 8B).В PCA с вредоносными SNV частоты общих аллелей вышеупомянутые группы, по-видимому, сливаются вместе (рис. 8D).

Рис. 8. Анализ основных компонентов (PCA) на основе генов, участвующих в ССЗ.

A. PCA на основе всех вариантов в нашем наборе генов с AF≤5,0%, B. PCA на основе всех вариантов в нашем наборе генов с AF> 5,0%. C. PCA на основе вредных вариантов с AF ≤ 5,0%, D. PCA на основе вредных вариантов с AF> 5.0%. PJL, по-видимому, отличается от других популяций мира на основе вредоносных вариантов с низкой и редкой частотой аллелей (AF≤5,0%) (панель C) по сравнению с анализом со всеми вариантами с низкой и редкой частотой аллелей в нашем наборе генов ( Панель А). Для вариантов общей частоты аллелей (AF> 5,0%) популяции были разделены на три отдельные группы на основе всех вариантов (панель B), в то время как они, по-видимому, сливались при анализе только с вредными вариантами (панель D).

https: // doi.org / 10.1371 / journal.pone.01.g008

Используя тот же набор генов, бремя общих, менделевских и врожденных сердечно-сосудистых заболеваний также было определено для одной популяции из каждой из пяти основных групп населения проекта 1000 геномов, т. е. Йоруба на Ибадане (YRI) в Африке, южно-ханьские китайцы (CHS) из Восточной Азии, гуджаратские индейцы из Хьюстона (GIH) в Южной Азии, пуэрториканцы (PUR) из Америки, финны (FIN) в Финляндии и малайцы из Восточной Азии который не является частью проекта «1000 геномов».Эта эмпирическая оценка показала избыток вредных производных редких вариантов (синглтонов) в популяциях YRI и малайцев, в то время как популяции FIN и PJL содержали наименьшее количество вредных производных синглтонов (рис. 9A). Кроме того, наблюдалось, что доля гомозиготных вредоносных производных SNV была второй по величине в PJL после финской популяции (PJL 12,30%, финляндия 12,79%, рис. 9B).

Рис. 9. Сравнение частотного спектра участков для PJL, 5 других популяций проекта «1000 геномов» и одной «малайской» популяции Юго-Восточной Азии с использованием данных для одинакового числа особей (n = 96) каждой популяции для нормализации.

A. Сравнение низкочастотных вредоносных SNV в наборе генов сердечно-сосудистых заболеваний. B. Процент гомозиотных вредоносных SNV в каждой популяции.

https://doi.org/10.1371/journal.pone.01.g009

Обсуждение

В этом исследовании мы количественно оценили мутационное бремя общих, менделевских и врожденных сердечно-сосудистых заболеваний у населения Пакистана и сравнили его с другими популяциями мира.Эта количественная оценка мутационной нагрузки путем оценки функционально вредоносных SNV дала ключ к разгадке высокой распространенности распространенных ССЗ в этом регионе [58]. Наблюдаемая более высокая мутационная нагрузка для распространенных ССЗ, чем для Менделирующих и врожденных ССЗ, может быть объяснена тем, что обычные ССЗ являются полигенными, когда большое количество вредных вариантов со слабым или умеренным эффектом способствует им, тогда как Менделирующие ССЗ являются моногенными или олигогенными, где мало редкие варианты оказывают большее влияние на фенотип [6].Эти вредные варианты со слабым или умеренным эффектом распространяются в популяциях и повышают частоты аллелей вместе с нейтральными вариантами во время быстрого роста популяции [59]. Однако частоты аллелей вредоносных генетических вариантов, способствующих определенным заболеваниям человека, могут различаться среди популяций в зависимости от их исторических способов распространения, роли эволюционных сил и узких мест. Сильно вредные варианты удаляются очищающим отбором из популяции и встречаются редко [6, 58, 60].Таким образом, более вредные варианты наблюдались в обычных бункерах DAF (> 5%) для 1000 Genomes Project PJL, чем для ExAC SAS (рис. 5). Это было дополнительно оценено путем расчета доли SNV с редким, низким и обычным DAF вредными для обоих наборов данных. Доля вредных вариантов общего DAF составила 11,03% в 1000 Genomes PJL, тогда как в ExAC SAS она составляла всего 0,54% (S6, фиг.). Более высокая доля вредоносных SNV с общим DAF в PJL проекта «1000 геномов» также может быть объяснена предыдущими выводами о том, что варианты с очень небольшим пагубным эффектом для сложных заболеваний могут выжить в популяциях в течение тысяч лет, не подвергаясь очищающей селекции [61], или эти способствуют позднему началу заболеваний.Кроме того, гены, ответственные за менделевские расстройства, подвергаются жесткому отбору, в то время как гены, вносящие вклад в сложные расстройства, демонстрируют взаимодействие отрицательного и положительного отбора из-за некоторого уравновешивающего эффекта [62]. Например, высокочастотный вредоносный SNV rs2228570 (начальная потеря VDR ), как сообщается, способствует гипертонии [50, 51], а также защищает от дегенерации межпозвонкового диска [63]. Это сравнение также показало, что доля SNV с редкими DAF была выше в пуле вредоносных, чем в общем пуле SNV для обоих наборов данных (S6, рис.).Сравнительно более высокая доля редких SNV в пагубном пуле (62,80% в 1000 Genomes Project PJL и 98,63% в ExAC SAS) согласуется с более ранними исследованиями [64] и может быть выведена в свете демографии населения, т. Е. Генов, участвующих в сердечно-сосудистые заболевания приобрели такие редкие вредоносные SNV в пакистанской популяции из-за быстрого роста популяции в последнее время [65]. Эффект нейтральных сил дополнительно усиливается за счет большей доли частных вредоносных SNV (таблица 3), поскольку недавно появившиеся SNV также имеют тенденцию быть частными в популяции, а эти специфичные для популяции редкие варианты с еще большей вероятностью будут вредными для некоторые заболевания [66].

Присутствие патогенных и вероятных патогенных вариантов CVD ClinVar в 1000 Genomes Project PJL и ExAC SAS также представляет собой основное бремя этих заболеваний среди населения Пакистана. Было обнаружено, что варианты, отфильтрованные в PJL и SAS, связаны только с менделевскими и врожденными ССЗ. Основная доля отфильтрованных вариантов была связана с кардиомиопатиями (47,8%), синдромом long_QT (23,9%), сердечной аритмией (8,8%) и дефектами атриовентрикулярной перегородки (5,0%). Среди 11 SNV с более высокой частотой аллелей в SAS, чем в других популяциях (таблица 2), 8 были связаны с кардиомиопатиями.В дополнение к SNV мы отфильтровали делецию 25 пар оснований (rs36212066) в интроне 32 MYBPC3 (кардиальный миозин-связывающий белок C), который, как сообщалось, связан с кардиомиопатиями и присутствует в популяциях индийского происхождения с MAF ~ 4%. [67]. В этом анализе эта делеция была обнаружена с MAF 3,1% как в 1000 Genomes PJL, так и в ExAC SAS. В PJL он присутствовал в гетерозиготной форме, тогда как в ExAC SAS 11 были в гомозиготном состоянии и 495 — в гетерозиготном состоянии.

В связи с текущим пониманием того, что генетическое бремя общих болезней может быть различным для популяций в соответствии с их прошлой историей [58], мы предположили, что вредные варианты, определяющие их роль в сердечно-сосудистых заболеваниях в пакистанской популяции, могли отличаться от южноазиатской популяции в большей степени. недавнее время.Но наши результаты, полученные при попарном вычислении значений F _{, ST} , подтвердились предыдущими выводами о том, что варианты, способствующие распространенным заболеваниям, плохо дифференцируются [68]. Два вредоносных SNV, rs560826688 (DAF 0,0312) и rs563254260 (DAF 0,0260), которые умеренно дифференцированы от других жителей Южной Азии, также сильно дифференцированы из всех популяций проекта 1000 геномов. Они соответствуют LRP5 (который кодирует белок 5, связанный с рецептором липопротеинов низкой плотности) и SERPINF1 (который кодирует производный фактор пигментного эпителия (PEDF), принадлежащий суперсемейству ингибиторов серпин-пептидазы) соответственно; и оба способствуют развитию гипертонии [55, 56].Их эволюция до сравнительно более высоких частот в пакистанской популяции может быть связана с генетическим дрейфом, имеющим некоторый достоверный эффект, маскирующий их роль в гипертонии в этом регионе [69]. Сильно и высоко дифференцированные SNV из всех популяций проекта «1000 геномов» (таблица S5) также соответствуют расчетному более высокому бремени ССЗ в Пакистане, то есть гипертонии, атеросклероза, сердечной недостаточности, кардиомиопатии и дефектов перегородки. В целом, сравнительно меньшая дифференциация вредоносных SNV наблюдалась в популяциях Южной Азии, Европы и Америки (S5 Рис.), Что представляет меньшую эволюцию генетических факторов, ответственных за восприимчивость к сердечно-сосудистым заболеваниям, в то время как наблюдаемая высокая дифференциация с популяциями Африки и Восточной Азии представляет их разнообразие или дифференцированная восприимчивость к сердечным заболеваниям, которая сохраняется под влиянием географии, языка и этнической принадлежности на генетические вариации в этих регионах [70].PJL также был сгруппирован вместе с другими выходцами из Южной Азии, европейцами и американцами на основании генетики сердечно-сосудистых заболеваний, как это было проведено в этом анализе (рис. 8). Эта парадигма также коррелирует с маршрутом экспансии современного человека после миграции из Африки. В будущем приоритетные варианты могут быть оценены и подтверждены эмпирически путем секвенирования ДНК этих генов в большой когорте пациентов с упорными сердечными заболеваниями.

Вспомогательная информация

S3 Рис.Совместное использование вредоносных SNV 1000 Genomes PJL и ExAC SAS с другими континентальными популяциями их соответствующих наборов данных.

В обоих случаях распределение наблюдалось в порядке убывания EUR> AMR> AFR> EAS> FIN. Примечательно, что доля общих вредных SNV среди европейского населения была выше для менделевских и врожденных ССЗ, чем для обычных ССЗ.

https://doi.org/10.1371/journal.pone.01.s004

(TIF)

S4 Рис. Графики скрипки для сравнения плотности предсказанных вредоносных SNV между пакистанской популяцией и всеми пятью группами проекта «1000 геномов».

Толщина скрипок пропорциональна количеству вариантов, соответствующих полученной частоте аллелей (DAF). Ящичные диаграммы внутри скрипок, показывающие средние значения DAF.

https://doi.org/10.1371/journal.pone.01.s005

(TIF)

S5 Рис. На основе значений FST Вейра и Кокерхема сравнение пропорций умеренно (FST 0,05–0,15), высокодифференцированных (FST 0,15–0,25) и строго (FST> 0,25) вредоносных SNV и всех SNV в генах, несущих эти вредоносные SNV.

Доля умеренно дифференцированных SNV выше для вредоносных SNV по сравнению с пакистанской популяцией со всеми 25 популяциями проекта «1000 геномов».

https://doi.org/10.1371/journal.pone.01.s006

(TIF)

S6 Рис. Сравнение редких (AF

<0,5%), низких (0,5% ≤ AF ≤ 5,0%) и общих (AF> 5,0%) — SNV частоты аллелей в пуле вредоносных SNV и общего пула SNV в генах ССЗ.

Разница в пропорциях «редких вариантов» в двух категориях i.е. тотальный и вредный, можно наблюдать в каждом наборе данных.

https://doi.org/10.1371/journal.pone.01.s007

(TIF)

S5 Стол. Вредоносные SNV пакистанского населения, которые сильно и сильно отличаются от глобальных популяций проекта «1000 геномов».

Следует отметить, что два сильно дифференцированных SNV (rs560826688 и rs563254260) связаны с гипертонией.

https://doi.org/10.1371/journal.pone.01.s012

(DOCX)

Благодарности

Мы благодарны Dr.Касим Аюб, из Wellcome Trust Sanger Institute, Wellcome Genome Campus, Хинкстон, CB10 1SA, Соединенное Королевство, за вклад в дизайн исследования и рецензирование рукописей.

Ссылки

1. 1. Всемирная организация здравоохранения. Сердечно-сосудистые заболевания (ССЗ), Информационный бюллетень, сентябрь 2016 г., 2016 г. http://www.who.int/cardiovascular_diseases/en/.
2. 2. Всемирная организация здравоохранения. Статистика здравоохранения и информационные системы. 2016. http://www.who.int/healthinfo/global_burden_disease/estimates/en/index2.html.
3. 3. О’Доннелл CJ, Набель EG. Геномика сердечно-сосудистых заболеваний. Медицинский журнал Новой Англии. 2011; 365 (22): 2098–109. pmid: 22129254
4. 4. Консорциум проекта «1000 геномов». Глобальный справочник по генетической изменчивости человека. Природа. 2015; 526 (7571): 68–74. pmid: 26432245
5. 5. Lek M, Karczewski KJ, Minikel EV, Samocha KE, Banks E, Fennell T, et al. Анализ генетической изменчивости, кодирующей белок, у 60 706 человек. Природа. 2016; 536 (7616): 285–91.pmid: 27535533
6. 6. Леттр Г. Редкие и низкочастотные варианты общих заболеваний человека и других сложных признаков. Журнал медицинской генетики. 2014. 51 (11): 705–14. pmid: 25185437
7. 7. Gravel S, Henn BM, Gutenkunst RN, Indap AR, Marth GT, Clark AG и др. Демографическая история и распространение редких аллелей среди человеческих популяций. Труды Национальной академии наук. 2011. 108 (29): 11983–8.
8. 8. Ли Й, Винкенбош Н., Тиан Дж., Уэрта-Санчес Э., Цзян Т., Цзян Х. и др.Повторное секвенирование 200 экзомов человека выявило избыток низкочастотных несинонимичных вариантов кодирования. Генетика природы. 2010. 42 (11): 969–72. pmid: 208
9. 9. Карафет Т.М., Булаева К.Б., Булаев О.А., Гургенова Ф., Омарова Дж., Епископосян Л. и др. Обширная полногеномная аутозиготность популяционных изолятов Дагестана. Европейский журнал генетики человека. 2015; 23 (10): 1405–12. pmid: 25604856
10. 10. Дэн Х. В., Линч М. Оценка параметров вредоносных мутаций в естественных популяциях.Генетика. 1996. 144 (1): 349–60. pmid: 8878698
11. 11. Сюэ И, Чен И, Аюб К., Хуанг Н., Болл Э.В., Морт М. и др. Распространенность вредных аллелей и аллелей болезней у здоровых людей: выводы из текущих прогнозов, баз данных мутаций и повторного секвенирования в масштабе популяции. Американский журнал генетики человека. 2012. 91 (6): 1022–32. pmid: 23217326
12. 12. МакАртур Д.Г., Тайлер-Смит С. Варианты потери функции в геномах здоровых людей. Молекулярная генетика человека.2010; 19 (R2): R125 – R30. pmid: 20805107
13. 13. Wain LV. Редкие варианты и сердечно-сосудистые заболевания. Брифинги по функциональной геномике. 2014; 13 (5): 384–91. pmid: 24771349
14. 14. Всемирный банк. Данные Всемирного банка по населению мира. 2016. http://databank.worldbank.org/data/download/POP.pdf.
15. 15. Заиди С., Салиграм П., Ахмед С., Сондерп Э., Шейх К. Расширение доступа к здравоохранению в Южной Азии. BMJ. 2017; 357: j1645. pmid: 28400377
16. 16.Хуссейн С.М., Ольденбург Б., Ван Й., Зунгас С., Тонкин А.М. Оценка риска сердечно-сосудистых заболеваний среди населения Южной Азии. Международный журнал сосудистой медицины. 2013; 2013 (786801): 1–10. pmid: 24163770
17. 17. Тиллин Т., Хьюз А.Д., Мэйет Дж., Уинкап П., Саттар Н., Форухи Н.Г. и др. Взаимосвязь между метаболическими факторами риска и сердечно-сосудистыми заболеваниями у европейцев, выходцев из Южной Азии и африканских Карибов: SABER (Southall and Brent Revisited) — проспективное популяционное исследование.Журнал Американского колледжа кардиологии. 2013. 61 (17): 1777–86. Epub 2013/03/19. pmid: 23500273.
18. 18. Мисра А., Тандон Н., Эбрахим С., Саттар Н., Алам Д., Шривастава У. и др. Диабет, сердечно-сосудистые заболевания и хроническая болезнь почек в Южной Азии: текущее состояние и направления на будущее. BMJ. 2017; 357: j1420. pmid: 28400361
19. 19. Моран А.Е., Цонг К.Ю., Форузанфар М.Х., Роти Г.А., Менсах Г.А., Эззати М. и др. Различия в бремени ишемической болезни сердца в зависимости от возраста, страны и дохода: исследование «Глобальное бремя болезней, травм и факторов риска», 2010 г.Глобальное сердце. 2014; 9 (1): 91–9. Epub 2014/07/01. pmid: 24977114.
20. 20. Заман MJS, Patel KCR. Риски для здоровья мужчин из Южной Азии: повышение осведомленности. Тенденции в урологии и мужском здоровье. 2012; 3 (3): 11–6.
21. 21. Джафар Т.Х., Кадри З., Чатурведи Н. Эпидемия ишемической болезни сердца в Пакистане — больше электрокардиографических свидетельств ишемии у женщин, чем у мужчин. Сердце. 2007. 94 (4): 408–13. pmid: 17646192
22. 22. Аван З.А., Гуль А.М., Сахибзада В.А., Хафизулла М.Распространенность ишемической болезни сердца в сельской местности Пешавара. Журнал последипломного медицинского института (Пешавар-Пакистан). 2011; 19 (1).
23. 23. Хуссейн Р., Битлз А. Распространенность и демографические характеристики кровнородственных браков в Пакистане. Журнал биосоциальных наук. 1998. 30 (02): 261–75.
24. 24. Хак ФУ, Джалил Ф., Хашми С., Джумани М.И., Имдад А., Джабин М. и др. Факторы риска, предрасполагающие к врожденным порокам сердца. Анналы детской кардиологии.2011. 4 (2): 117–21. pmid: 21976868
25. 25. Салехин Д., Натараджан П., Армеан И.М., Чжао В., Рашид А., Хетарпал С.А. и др. Нокауты человека и фенотипический анализ в когорте с высоким уровнем кровного родства. Природа. 2017; 544 (7649): 235–9. pmid: 28406212
26. 26. Хамош А., Скотт А.Ф., Амбергер Дж. С., Боккини, Калифорния, МакКусик В.А. Интернет-Менделирующее наследование в человеке (OMIM), база знаний о генах человека и генетических нарушениях. Исследования нуклеиновых кислот. 2005; 33 (приложение 1): D514 – D7.
27. 27. Ландрам М.Дж., Ли Дж.М., Райли Г.Р., Джанг В., Рубинштейн В.С., Черч Д.М. и др. ClinVar: общедоступный архив взаимосвязей между вариациями последовательностей и фенотипом человека. Исследования нуклеиновых кислот. 2014; 42 (D1): D980 – D5.
28. 28. Сюй В., Ван Х, Ченг В., Фу Д., Ся Т., Киббе В.А. и др. Структура для аннотирования генома человека в контексте болезни. PLoS One. 2012; 7 (12): e49686. pmid: 23251346
29. 29. Köhler S, Doelken SC, Mungall CJ, Bauer S, Firth HV, Bailleul-Forestier I, et al.Проект «Онтология фенотипа человека»: связь молекулярной биологии и болезней посредством фенотипических данных. Исследования нуклеиновых кислот. 2014; 42 (D1): D966 – D74.
30. 30. Ребхан М., Чалифа-Каспи В., Прилуски Дж., Ланцет Д. Генные карты: новый справочник по функциональной геномике с автоматическим анализом данных и поддержкой переформулирования запросов. Биоинформатика. 1998. 14 (8): 656–64. pmid: 9789091
31. 31. Камон Э, Магрейн М., Баррелл Д., Ли В., Диммер Э, Маслен Дж. И др. База данных аннотаций генной онтологии (goa): обмен знаниями в uniprot с генной онтологией.Исследования нуклеиновых кислот. 2004; 32 (Suppl_1): D262 – D6.
32. 32. Е Дж, Фанг Л., Чжэн Х, Чжан И, Чен Дж, Чжан Зи и др. WEGO: веб-инструмент для создания аннотаций GO. Исследования нуклеиновых кислот. 2006; 34 (приложение 2): W293 – W7.
33. 33. Данечек П., Аутон А., Абекасис Дж., Альберс К.А., Бэнкс Е., ДеПристо М.А. и др. Вариант формата вызова и VCFtools. Биоинформатика. 2011. 27 (15): 2156–8. pmid: 21653522
34. 34. Харроу Дж., Фрэнкиш А., Гонсалес Дж. М., Тапанари Э., Диханс М., Кокочински Ф. и др.GENCODE: справочная аннотация генома человека для проекта ENCODE. Геномные исследования. 2012. 22 (9): 1760–74. pmid: 22955987
35. 35. Кирчер М., Виттен Д.М., Джейн П., О’роак Б.Дж., Купер Г.М., Шендур Дж. Общая схема оценки относительной патогенности генетических вариантов человека. Генетика природы. 2014; 46 (3): 310–5. pmid: 24487276
36. 36. Аджубей И.А., Шмидт С., Пешкин Л., Раменский В.Е., Герасимова А., Борк П. и др. Метод и сервер для прогнозирования разрушительных миссенс-мутаций.Природные методы. 2010. 7 (4): 248–9. pmid: 20354512
37. 37. Кумар П., Хеникофф С., Нг ПК. Прогнозирование влияния кодирования несинонимичных вариантов на функцию белка с использованием алгоритма SIFT. Протоколы природы. 2009. 4 (7): 1073–81. pmid: 19561590
38. 38. Miosge LA, Field MA, Sontani Y, Cho V, Johnson S, Palkova A, et al. Сравнение прогнозируемых и фактических последствий миссенс-мутаций. Труды Национальной академии наук. 2015; 112 (37): E5189 – E98.
39. 39. Panoutsopoulou K, Tachmazidou I., Zeggini E. В поисках низкочастотных и редких вариантов, влияющих на сложные черты. Молекулярная генетика человека. 2013; 22 (R1): R16 – R21. pmid: 232
40. 40. Ян Х, Ван К. Аннотации геномных вариантов и расстановка приоритетов с помощью ANNOVAR и wANNOVAR. Протоколы природы. 2015; 10 (10): 1556–66. pmid: 26379229
41. 41. Эрреро Дж., Маффато М., Бил К., Фицджеральд С., Гордон Л., Пигнателли М. и др. Ресурсы по сравнительной геномике.База данных. 2016; 2016: bav096. pmid: 26896847
42. 42. Wong L-P, Ong RT-H, Poh W-T, Liu X, Chen P, Li R и др. Глубокое полногеномное секвенирование 100 малайцев из Юго-Восточной Азии. Американский журнал генетики человека. 2013. 92 (1): 52–66. pmid: 232

43. 43. Weir BS, Cockerham CC. Оценка F-статистики для анализа структуры населения. Эволюция. 1984. 38 (6): 1358–70. pmid: 28563791
44. 44. Перселл С., Нил Б., Тодд-Браун К., Томас Л., Феррейра М.А., Бендер Д. и др.PLINK: набор инструментов для анализа ассоциации всего генома и популяционного анализа сцепления. Американский журнал генетики человека. 2007. 81 (3): 559–75.
45. 45. Паттерсон Н., Прайс А.Л., Райх Д. Структура населения и собственный анализ. PLoS Genetics. 2006; 2 (12): e190. pmid: 17194218
46. 46. Злоторынски Е. Хромосомная биология: Ориентация сайта связывания CTCF формирует геном. Обзоры природы Молекулярная клеточная биология. 2015; 16 (10): 578–9. Epub 2015/08/27. pmid: 26307237
47. 47.Сонг Л., Чжан З., Грасфедер Л.Л., Бойл А.П., Гиреси П.Г., Ли Б.К. и др. Открытый хроматин, определяемый DNaseI и FAIRE, идентифицирует регуляторные элементы, которые формируют идентичность клеточного типа. Геномные исследования. 2011. 21 (10): 1757–67. pmid: 21750106
48. 48. Макартур Д.Г., Баласубраманиан С., Франкиш А., Хуанг Н., Моррис Дж., Уолтер К. и др. Систематический обзор вариантов потери функции в генах, кодирующих белки человека. Наука. 2012. 335 (6070): 823–8. pmid: 22344438
49. 49. McLaren W, Gil L, Hunt SE, Riat HS, Ritchie GR, Thormann A и др.Предиктор эффекта ансамбля вариантов. Геномная биология. 2016; 17 (122): 1–14.
50. 50. Санторо Д., Буэми М., Гаглиостро Дж., Веккио М., Курро М., Иентиле Р. и др. Связь полиморфизма гена VDR с заболеванием сердца у пациентов с хронической болезнью почек. Клиническая биохимия. 2015. 48 (16): 1028–32.
51. 51. Swapna N, Vamsi UM, Usha G, Padma T. Риск, связанный с полиморфизмом FokI гена рецептора витамина D (VDR) для эссенциальной гипертензии. Индийский журнал генетики человека.2011. 17 (3): 201–6. pmid: 22345993
52. 52. Jormsjö S, Wuttge DM, Sirsjö A, Whatling C, Hamsten A, Stemme S и др. Дифференциальная экспрессия цистеиновых и аспарагиновых протеаз во время прогрессирования атеросклероза у мышей с дефицитом аполипопротеина E. Американский журнал патологии. 2002. 161 (3): 939–45. pmid: 12213722
53. 53. Раджвани А., Эззат В., Смит Дж., Юлдашева Н.Ю., Дункан Э.Р., Гейдж М. и др. Повышение уровня циркулирующего IGFBP1 улучшает чувствительность к инсулину, способствует выработке оксида азота, снижает кровяное давление и защищает от атеросклероза.Диабет. 2012; 61 (4): 915–24. pmid: 22357965
54. 54. Консорциум проекта «1000 геномов». Карта вариаций генома человека по результатам секвенирования в масштабе популяции. Природа. 2010. 467 (7319): 1061–73. pmid: 20981092
55. 55. Сувазоно Ю., Кобаяси Е., Уэтани М., Миура К., Морикава Ю., Ишизаки М. и др. Вариант A1330V белка 5, связанного с рецептором липопротеинов низкой плотности, является определяющим фактором кровяного давления у японских мужчин. Науки о жизни. 2006. 78 (21): 2475–9. pmid: 16289238
56. 56.Chen C, Tso AW, Cheung BM, Law LS, Ong K, Wat N и др. Концентрация фактора пигментного эпителия в плазме крови тесно связана с артериальным давлением и позволяет прогнозировать возникновение гипертонии в Китае: 10-летнее проспективное исследование. Клиническая эндокринология. 2012. 76 (4): 506–13. pmid: 21777264
57. 57. Фурутама Д., Негоро Н., Терасаки Ф., Цудзи-Мацуяма К., Сакаи Р., Маэда Т. и др. Возможная экспансия de novo CTG-повторов в гене DMPK пациента с кардиомиопатией. Журнал клинической неврологии.2010. 17 (3): 408–9.
58. 58. Хенн Б.М., Ботиге Л.Р., Бустаманте С.Д., Кларк А.Г., Гравел С. Оценка мутационной нагрузки в геномах человека. Природа Обзоры Генетики. 2015; 16 (6): 333–43. pmid: 25963372
59. 59. Peischl S, Excoffier L. Экспансионная нагрузка: рецессивные мутации и роль постоянной генетической изменчивости. Молекулярная экология. 2015; 24 (9): 2084–94. pmid: 25786336
60. 60. Теннессен Дж. А., Бигхэм А. В., О’Коннор Т. Д., Фу В., Кенни Е. Е., Гравел С. и др. Эволюция и функциональное влияние редких вариантов кодирования из глубокого секвенирования экзомов человека.Наука. 2012. 337 (6090): 64–9. pmid: 22604720
61. 61. Субраманиан С. Временные следы естественного отбора в митогеномах человека. Молекулярная биология и эволюция. 2009. 26 (4): 715–7. pmid: 1
05
62. 62. Блехман Р., Ман О, Херрманн Л., Бойко А.Р., Индап А., Косиол С. и др. Естественный отбор генов, лежащих в основе восприимчивости человека к болезням. Текущая биология. 2008. 18 (12): 883–9. pmid: 18571414
63. 63. Пабалан Н., Табангай Л., Джарджанази Х., Виейра Л.А., душ Сантуш А.А., Барбоса С.П. и др.Связь между полиморфизмами FokI и ApaI в гене рецептора витамина D и дегенерацией межпозвонкового диска: систематический обзор и метаанализ. Генетическое тестирование и молекулярные биомаркеры. 2017; 21 (1): 24–32. pmid: 27797588
64. 64. Ковентри А., Булл-Оттерсон Л.М., Лю X, Кларк А.Г., Максвелл Т.Дж., Кросби Дж. И др. Глубокое повторное упорядочение выявляет избыточные редкие недавние варианты, соответствующие взрывному росту популяции. Nature Communications. 2010. 1 (131): 1–6.
65. 65. Фу В., О’Коннор Т.Д., Джун Джи, Канг Х.М., Абекасис Дж., Леал С.М. и др.Анализ 6 515 экзомов показывает недавнее происхождение большинства вариантов кодирования белков человека. Природа. 2013. 493 (7431): 216–20. pmid: 23201682
66. 66. Marth GT, Yu F, Indap AR, Garimella K, Gravel S, Leong WF и др. Функциональный спектр вариации низкочастотного кодирования. Геномная биология. 2011; 12 (9): R84. pmid: 210
67. 67. Dhandapany PS, Sadayappan S, Xue Y, Powell GT, Rani DS, Nallari P, et al. Распространенный вариант MYBPC3 (кардиальный миозин-связывающий протеин C), связанный с кардиомиопатиями в Южной Азии.Генетика природы. 2009. 41 (2): 187–91. pmid: 113
68. 68. Lohmueller KE, Mauney MM, Reich D, Braverman JM. Варианты, связанные с распространенным заболеванием, не различаются по частоте в разных популяциях. Американский журнал генетики человека. 2006. 78 (1): 130–6. pmid: 16385456
69. 69. Casals F, Hodgkinson A, Hussin J, Idaghdour Y, Bruat V, de Maillard T. и др. Секвенирование всего экзома показывает быстрое изменение частоты редких функциональных вариантов в основной популяции людей.PLoS Genetics. 2013; 9 (9): e1003815. pmid: 24086152
70. 70. Аюб К., Тайлер-Смит С. Генетическая изменчивость в Южной Азии: оценка влияния географии, языка и этнической принадлежности для понимания истории болезни и риска заболевания. Брифинги по функциональной геномике и протеомике. 2009. 8 (5): 395–404.