Книга 13 осколков личности. Книга сильных
13 осколков личности. Книга сильныхЕгор Горд
Сам себе психолог (Питер)
Надоело быть как все? Хочешь серьезных перемен? Ищешь свой путь? Хватит сидеть и мечтать! Выброси пыльный чемодан условностей, сними привычную маску полезного члена общества, разбей свою личность на мелкие осколки и собери заново нового себя.
Эта книга – холодное ведро мотивации, после которого хочется встать, отряхнуться и начать действовать. Выполняй уникальные упражнения и присоединяйся к тысячам читателей, которые уже смогли круто изменить свою жизнь.
Осколки-блог. рф. – популярный блог по саморазвитию. Его автор Егор Горд смело и бескомпромиссно мотивирует своих последователей бросить вызов шаблонам, оставить ненавистную работу, заново расставить приоритеты и начать заниматься любимым делом.
Егор Горд
13 осколков личности. Книга сильных
© ООО Издательство «Питер», 2018
© Серия «Сам себе психолог, 2018
© Миша Панфилов, дизайн шрифта Pobeda
© В книге использованы иллюстрации shutterstock.
com (http://shutterstock.com/).
Все права защищены. Никакая часть данной книги не может быть воспроизведена в какой бы то ни было форме без письменного разрешения владельцев авторских прав.
Издательство не несет ответственности за доступность материалов, ссылки на которые вы можете найти в этой книге. На момент подготовки книги к изданию все ссылки на интернет-ресурсы были действующими.
[ОТ АВТОРА]
Какого черта появилась эта книга?
Мне неоднократно поступали просьбы объединить статьи блога, который многим попортил кровь, и написать книгу. Для удобства и соотнесения с блогом я назвал книгу «13 осколков». Каждый осколок – это область жизни, на одну из которых вы, возможно, наплевали. В мире все взаимосвязано, и, склеив все осколки или собрав их воедино, мы постараемся совершить в сознании революцию.
Говорят, что люди не меняются, что остаются такими, какими были всегда, и даже если их хорошенько встряхнуть, это будет напрасно. Моя задача в этой книге – не просто встряхнуть (это бесполезно!), моя задача – вытащить мозг читателя, хорошенько его поиметь (ну хорошо, уговорили – прошить ? и вставить обратно).
Цифра 13 – это отсылка к 2013 году, когда родился блог «Осколки».
Какого черта книгу пишу я сам?
Сначала я просто хотел взять энтузиаста и заплатить ему, с тем чтобы он из более чем 220 уникальных статей сделал книгу, но я послал этот способ подальше. В данном случае лучше всего сделать это тому, кто и является автором статей. То есть мне самому. Держу пари, что ты будешь в восторге от моей книги и своей последующей жизни.
Я буду обращаться как к массе народа (на «вы»), так и конкретно к тебе, читатель (на «ты»). Я буду обращаться как к женщинам, так и к мужчинам.
Я знаю, что книга «13 осколков личности» вам действительно понравится и вы возьмете из нее что-то эффективное. Когда-то я испытывал острый дефицит полезной литературы и в глубине души мечтал найти такую книгу, которая меня сломает пополам и выльет на меня ведро холодной мотивации.
И вот я решил создать ее сам.
Осколки
Что будет в этой книге?
1 осколок – это наше время. Мы научимся использовать – использовать его более разумно – так, как его используют люди, добившиеся успеха. Мы научимся его ценить, мы станем его за-ме-чать!
2 осколок – осознанность. Мы просто станем осознанными и начнем осознанную жизнь.
3 осколок – смысл жизни. Мы отправимся в путь за поиском смысла жизни.
4 осколок – мышление. Мы остановим неуправляемую машину у нас в голове и запустим процесс в нужную сторону. А также расширим мышление, используем силу разума и научимся контролировать мыслительные процессы.
5 осколок – знания. Мы вытряхнем из головы весь ненужный хлам и оставим только эффективные знания, которые реально сделают жизнь более продуктивной во всех ее аспектах.
6 осколок – личность. Мы сделаем нашу личность нестандартной и сильной.
7 осколок – эмоции. Мы научимся управлять своими эмоциями и своей жизнью.
8 осколок – привычки.
Они делают людей сильнее. Или слабее. Мы сделаем так, чтобы получать от них только силу.
9 осколок – принципы. Принципы – это внутренний стержень, который поможет нам делать правильный выбор и будет нашей опорой в течение всей жизни.
10 осколок – бунт. Нельзя «ловить тишь». Нужно бунтовать и жить более веселой, интересной и насыщенной жизнью!
11 осколок – цель и мечта. Мы научимся мечтать эффективно и наконец разберемся, почему абсолютное большинство людей не достигает целей.
12 осколок – саморазвитие и личный рост. С чего начать, что делать и как правильно развиваться!
13 осколок – заключение.
Перед тем как начать
Обычно все обращения ко мне начинаются классически: «Я случайно наткнулась на твой блог (книгу)». Нет! Не случайно!
Вы находитесь на той стадии развития, когда у вас появляются вопросы и, что главнее и важнее, вы ищете ответы. Вы не просто удовлетворяетесь размышлениями. Нет! Вы ищете. Вы читаете сайты, блоги и книги, вы не соглашаетесь деградировать, вы готовы решительно действовать, что-то предпринимать, вы обращаетесь к авторам, вы не останавливаетесь.
И это все не случайно. Хотя может казаться, что это происходит совершенно случайным образом, но это не так.
Любой человек, книга или событие, которые встречаются тебе на пути, – это закономерность. Цепочка событий, цепочка мыслей всегда ведет к чему-то, что может восприниматься как обычная случайность, совпадение. Мозг не может определить связь между ближайшими событиями и тем, что происходит сейчас, он не берет в расчет все ходы, сделанные тобой за длинный промежуток времени.
Если ты будешь думать широко и мыслить более глобально, не на уровне «что же мне сегодня купить в магазине», «как вылить очередную сплетню в ухо собеседнику», то ты поймешь меня. Ты поймешь все, о чем я пишу.
Случайности не случайны. Именно поэтому ты и читаешь эту книгу. И совершенно неважно, как она к тебе попала. Она у тебя в руках – и это значит, что так и должно было произойти.
Предисловие. Большой успех состоит из мелочей
Грандиозный успех состоит из ежедневных мелочей. Если брать совсем уж глобально, то каждый миг имеет значение.
Из секунд складываются наши минуты, часы, дни и года. Если грамотно проводить эти мгновения – как успеха может не быть? Это ясно и понятно. Однако!
Многие возражают: «А когда мне жить? Вот буду я идти по карьерной лестнице, буду развиваться, совершенствовать свои навыки и работать над собой. А жить-то когда?»
Жить…
А что такое «жить» для этих людей? Это каждый долбаный день делать одно и то же. День сурка!
20 интересных фактов о странах мира, которые мы предлагаем вашему вниманию. Данная подборка состоит из разнообразных интересных фактов о странах мира. 1. Страна с самым большим числом людей за решёткой: США. Когда дело доходит до того, чтобы упрятать кого-нибудь в тюрьму, этой стране нет равных. В США проживает 5% от всего населения Земли, и 25% от общего количества заключённых в мире сидят в тюрьмах именно тут -2,2 млн человек. Второе место занимает Россия — страна с самым низким процентом оправдательных приговоров в цивилизованном мире — 1,5 млн. 2. Страна с самыми толстыми гражданами: Науру. 95% населения этого маленького островного государства имеют избыточный вес. Причина? Ничего особенного, они просто слишком много едят и мало двигаются. 3. Страна, которая с наибольшей вероятностью скоро окажется под водой: Мальдивы. Жители мальдивских островов имеют серьёзный повод опасаться затопления: из-за глобального потепления острова каждый год всё больше погружаются под воду. 4. Страна, охватывающая максимальное количество часовых поясов: Франция. Если учесть все территории Франции, включая заморские, окажется, что эта страна располагается на 12 часовых поясах. США занимает 11 поясов, Россия — 9. 5. Единственная в мире страна с дорогами из кораллов: Гуам. В Гуаме нет природного песка, поэтому там делают асфальт, используя кораллы и нефть. 6. Страна с самым большим количеством озёр: Канада. 60% всех озёр мира находятся на территории Канады: более 3 000 000 озёр, занимающих 9% канадских земель. 7. Самая засушливая страна: Ливия. 99% Ливии покрыто пустыней, в некоторых регионах дождей не бывает десятилетиями. 8. Страна-крупнейший производитель опиума: Афганистан. Здесь производится невероятные 95% от всего опиума в мире. 9. Страна-крупнейший производитель кислорода в мире: Россия. В Сибири растёт примерно 25% мировых лесов, которые охватывают площадь больше, чем континентальная часть США, что делает Россию самым мощным в мире переработчиком углекислого газа в ценнейший кислород. 10. Страна с наименьшим количеством леса: Гаити. Леса в Гаити практически полностью вырублены. Это заметно даже на снимках со спутника: вы можете определить, где Гаити граничит с Доминиканской республикой, в которой леса всё ещё растут. 11. Самая не-мирная страна в мире: Сомали. Согласно данным Global Peace Index Сомали обогнала Ирак и стала самой воинственной страной в мире, постоянно нападающей на соседние страны. Сомалийцы находятся как в состоянии постоянной войны, так и в состоянии непрерывной революции. 12. Самая образованная страна мире: Канада. 50% населения этой страны имеют образование не ниже среднего специального. За Канадой следует Израиль — 45% и Япония — 44%. 13. Крупнейшее в мире город-государство: Сингапур. 14. Страна с наибольшим количеством язаков: Папуа-Новая Гвинея. Хотя английский язык является в этой стране официальным, на самом деле это чистая формальность: по-английски здесь говорит не более 2% населения. Жители Папуа-Новой Гвинеи используют более 820 различных языков, что составляет 12% языков мира. 15. Страна с самым большим количеством овец на душу населения: Фолклендские острова (Великобритания). Здесь проживает 3 000 человек и 500 000 овец. Неудивительно, что экспорт шерсти приносит основной доход островам. 16. Наименее густонаселённая страна — Монголия. Плотность населения Монголии — 4 человека на 1,5 км кв. Сравните это с районом Гонконга Монг Кок, имеющим самую высокую в мире плотность населения: 340 000 на те же полтора квадратных километра. 17. Страна с наибольшим количеством танков: Россия. В России насчитывается 21 000 танков, на втором месте США с 16 000 танками. 18. Страна с самым юным в мире населением: Нигер. Примерно половина населения Нигера моложе 15 лет. Поскольку 80% территории этой страны покрыта пустыней, похоже, единственное, что там остаётся делать — это детей. 19. Страна с самым большим количеством граждан, проживающих не в ней: Мальта. После нескольких экономических кризисов в сочетании с повышенным уровнем рождаемости Мальта пережила несколько волн эмиграции, что привело к тому, что на данный момент за пределами Мальты проживает больше её граждан, чем в ней самой. 20. Наиболее разнообразная страна в мире: Индия. Почти в каждом плане: культурном, экономическом, климатическом, расовым, языковым, этническим и религиозном Индия представляет собой самое большое разнообразие в мире, либо занимает 2-е место. | |
На третьем месте — Китай, 870 тыс.
Всё это связано с тем, что Сомали — беднейшая страна, в которой населению не хватает даже пищи.
практических фрагментов
Фрагмент слияния
в silico , двумя способами Грубо говоря их три
способы продвижения фрагментов в лиды: наращивание, связывание или слияние.
Рост это
наиболее распространены, но по количеству кристаллических структур связанных фрагментов
продолжает увеличиваться, так же как и возможности для слияния фрагментов, в
какие элементы двух фрагментов объединяются в новую молекулу. В новом
(открытый доступ) J. Chem. Инф. Мод. бумага , Шарлотта Дин и
сотрудники Оксфордского университета, Informatics Matters, Vernalis и LifeArc
сравните два метода in silico.
Слияние фрагментов, как описано в бумага, «используется для фрагментов, которые связываются в частично перекрывающемся пространстве посредством разработка соединений, которые включают в себя субструктурные особенности каждого». Каждый Фрагмент может иметь посторонние биты, которые не сохраняются в объединенной молекуле. Действительно, иногда лишь небольшая часть одного из фрагментов включается в состав конечная молекула. (Оба этих понятия показаны в примере, который мы недавно написали. примерно здесь.)
Когда химики сливают два фрагмента,
они учитывают синтетическую управляемость слитых молекул.
Компьютеры, на
с другой стороны, иногда предлагают соединения, которые являются либо необоснованными, либо
потребуется докторская диссертация стоит усилий, чтобы сделать. Одно решение состоит в том, чтобы
инвертировать проблему: вместо того, чтобы пытаться оценить, являются ли конкретные генерируемые in-silico
могут быть созданы молекулы, возможные слитые молекулы могут быть найдены против
большая виртуальная библиотека синтетически доступных молекул для подобных
соединения (см., например, здесь).
Ключевым вопросом для этого подхода является определение подобного. Самый распространенный метод поиска подобных молекул заключается в сведении их к молекулярным «отпечаткам пальцев», таким как наличие или отсутствие атом хлора. Чем больше общих отпечатков пальцев у двух молекул, тем больше они похожи они есть; это подход, используемый для подобия Танимото.
Альтернативный подход заключается в использовании
«база данных графов», в которой молекулы представлены в виде узлов и ребер, с
узлы, являющиеся подструктурами, и ребра, являющиеся соединениями между
подструктуры.
Этот подход был описан исследователями из Astex как
Сеть фрагментов.
Какой из этих подходов работает лучше?
В новой статье исследователи создал виртуальную библиотеку из более чем 120 миллионов коммерчески доступных молекул. Затем они выбрали четыре белка с опубликованными совпадениями кристаллографических фрагментов. Для слияния каждого белка было выбрано от 9 до 19 отдельных фрагментов. образуя от 55 до 134 потенциально объединяемых пар. Затем они были вычислительно объединяются и запрашиваются в базе данных, используя либо поиск сходства, либо Фрагментарная сеть.
Оба метода поиска дали сопоставимые
число возможных попаданий, варьирующееся от чуть менее 23 000 до почти 169 000 на
белок. Затем они были подвергнуты вычислительной фильтрации, чтобы найти те молекулы, которые наиболее вероятны.
связываться с белками, в результате чего получается от 56 до 952. Интересно, однако, что
конкретные молекулы значительно варьировались в зависимости от того, какой метод поиска был
использовал.
На самом деле молекулы из Сети Фрагментов в основном занимали разные
областей химического пространства, чем найденные с помощью поиска по сходству. Более того,
во многих случаях пары фрагментов давали объединенные соединения одним методом, но не
другой. Количество предсказанных взаимодействий с белками-мишенями также
различались, и эти различия распространялись не только на конкретные взаимодействия, но и на
также к функциональному разнообразию.
Исследователи не покупали и самих тестируемых соединений, но они провели анализ по двум опубликованным примеров слияния фрагментов (об одном из которых мы писали здесь) и обнаружил, что как сеть фрагментов, так и поиск сходства могут найти молекулы, связанные к экспериментально проверенным связующим.
Вопрос о том, какой подход
работает лучше, остается открытым, поэтому исследователи предлагают использовать оба. Они
обратите внимание, что выполнение поиска в сети фрагментов требует меньше вычислений
требовательный, в данном случае занимает в среднем от 2 до 14 минут процессорного времени против 40
минут на поиск сходства.
Эти различия становятся еще более
важно при поиске библиотек с миллиардами соединений.
Важно отметить, что исследователи предоставьте код для создания собственной сети фрагментов, чтобы вы могли попробовать это на дом. Я с нетерпением жду возможности увидеть, как эти два метода будут работать в будущем.
Нуклеофильные ковалентные фрагменты против цистеина (!)
Лекарственное средство на основе ковалентных фрагментов открытие продолжает набирать обороты, о чем свидетельствует количество докладов на встреча CHI Drug Discovery Chemistry в апреле. Все вовлеченные нуклеофильные остатки на белках, особенно цистеине, реагирующие с электрофильными фрагменты. Однако, как мы отмечали в прошлом году, можно сделать и наоборот. Этот является темой новой статьи в Нац. хим. биол. Цзин Ян (Пекинский институт Lifeomics), Кейт Кэрролл (UF Scripps) и соавторы.
Причина большинства ковалентных фрагментов
не являются нуклеофилами, заключается в том, что ни одна из двадцати стандартных аминокислот не является особенно
электрофильный.
Работа, которую мы упоминали в прошлом году, была сосредоточена на посттрансляционном
модификации, вводящие в белки альдегиды или кетоны. Но оказывается
что тиоловая группа цистеина, которая в норме является нуклеофильной, может быть
окисляется до сульфеновой кислоты, которая является электрофильной. Группа Кэрролла была
изучая этот «цистеиновый редоксом» в течение многих лет, и обнаружил, что S-сульфенирование может служить
регуляторная функция, близкая к фосфорилированию.
Для оценки реакционной способности сульфеновых
кислоты через протеом исследователи синтезировали цианоацетамид и
нитроацетамидные производные 3,5-бис(трифторметил)анилина. Хлорацетамид
и акриламидные производные этого фрагмента ранее применялись в хемопротеомике.
эксперименты по поиску реактивных цистеинов. Лизаты клеток обрабатывали одним
этих четырех фрагментов с последующей обработкой родовым зондом для
сульфеновые кислоты или тиолы. Если остаток цистеина модифицируется фрагментом, он
будет недоступен для реакции со вторым зондом, и эта потеря сигнала может
могут быть количественно обнаружены с помощью масс-спектрометрии.
Для хлорацетамида, реагирующего с тиолами и акриламид, исследователи обнаружили, что 25,2% и 11,0% поддающихся количественному определению цистеинов в протеоме могли образовывать аддукты. Но образовалось только 24 остатка цистеина. аддукты с нитроацетамидом (1,3% от общего количества сульфеновых кислот) и ни один из них не образовывал аддуктов с цианоацетамидом.
Несмотря на этот более низкий процент попаданий, исследователи создали библиотеку из 65 цианоацетамид- и нитроацетамидсодержащих фрагментов, которые аналогичным образом подвергали скринингу в клеточных лизатах. Добавление перекиси водорода к клеточным лизатам для имитации окислительного стресса увеличилось количество сульфеновой кислоты места. В общей сложности исследователи обнаружили 524 лигандных сайта в 441 белке. Как Как и ожидалось в предыдущих экспериментах, нитроацетамиды имели тенденцию связываться с более сайты, чем цианоацетамиды.
Исследователи изучили
функциональный эффект ковалентной модификации для нескольких белков.
Ферменты
GAPDH, GSTO1 и ACAT1 имеют остатки цистеина в активном центре, которые могут быть
обратимо модифицируется окислением до сульфеновой кислоты. Реакция этой формы
рекомбинантные белки с одним из ковалентных фрагментов приводили к необратимым
ингибирование.
Точно так же исследователи продемонстрировали что фрагмент, который поражает фермент PRXL2A, активирует передачу сигналов MAPK в клетках, как и ожидалось. Важно отметить, что этот эффект не наблюдался в клетках, содержащих PRXL2A. с мутацией цистеина в серин. Неферментные белки HDGF и BCCIP также могут быть функционально ингибированы в клетках с ковалентными фрагментами.
Этот «умполунговый» подход к ковалентным
открытие лиганда интересно с научной точки зрения, но насколько оно будет полезно? В
в большинстве случаев образование сульфеновой кислоты уже дезактивировано, поэтому
форма белка будет просто держать его в выключенном состоянии. Однако
исследователи отмечают, что образование сульфеновой кислоты может быть активирующим.
Вторая проблема заключается в том, что образование сульфеновой кислоты, как правило, субстехиометрично, с небольшим процент цистеинов, существующих преимущественно в форме сульфеновой кислоты. Таким образом, часто будет трудно достичь почти количественного уровня модификации требуется для биологических эффектов. Тем не менее, есть случаи, когда вы хотите настроить путь, а не закрыть его полностью. Белковая активация или развитие новых PROTAC также может выиграть от ограниченного участия целевого белка.
Что касается ковалентных фрагментов сами по себе нитроацетамиды могут быть слишком реакционноспособными, но цианоацетамидная часть на самом деле содержится в нескольких одобренных препаратах, таких как противовоспалительный тофацитиниб. И если будут определены убедительные мишени для сульфеновой кислоты, химики, скорее всего, разработать дополнительные нуклеофильные зонды, пригодные для дозирования у людей.
Библиотека правила 1 (донор водородной связи)
Доноры водородных связей (ДВС) в
лиганды — нарушители спокойствия.
Наличие более пары снижает проницаемость,
биодоступность и даже растворимость. HBD также могут привести к оттоку, который
особенно проблематично для препаратов, которые должны преодолевать гематоэнцефалический барьер. Пока
в целом это верно, проблемы становятся еще острее для гетеробифункциональных
препараты, такие как PROTAC, которые содержат два фрагмента, каждый из которых распознает отдельный
белок. Чтобы свести к минимуму количество HBD в начале проекта, Бенджамин
Уайтхерст и его коллеги из AstraZeneca создали набор фрагментов «Low HBD».
который только что был описан в J. Med. хим. соц.
Исследователи начали с
изучая около 205 000 соединений в своей коллекции, имеющих от 11 до
19 неводородных атомов и не более одного HBD, определяемого как «протон, связанный с
атом кислорода или азота в его нейтральной форме». Обширная серия фильтров
был использован для отсеивания молекул на основе физико-химических свойств,
разнообразие и отсутствие реакционноспособных групп.
В соответствии с нашим недавним опросом,
синтетическая послушность рассматривалась в явном виде. Исследователи также использовали
оценки многопараметрической оптимизации (см. здесь). После контроля качества, который
включили растворимость и совместимость с SPR, в итоге получили набор 551
фрагменты.
Компания «АстраЗенека» недавно обновила
их библиотека фрагментов общего назначения «Биофизика», состоящая из 2741
соединения. У них также есть набор из 402 фрагментов «Kinase Hinge», которые содержат
доноры водородных связей рядом с акцепторами водородных связей. Сравнение набора Low HBD с двумя другими
показал, что он столь же разнообразен, как набор биофизики, и более разнообразен, чем
Комплект шарниров Kinase. Другие параметры, такие как количество акцепторов водородной связи.
(HBA), площадь полярной поверхности и молекулярная масса были одинаковыми между
Библиотеки HBD и биофизики. К счастью, а может быть, вопреки ожиданиям,
липофильность не была выше в наборе Low HBD.
Итак, как работает библиотека? Исследователи описывают пять скринингов против лигазы Е3, белково-белкового соединения. взаимодействие, киназа, гистонметилтрансфераза и фактор транскрипции. Были получены подтвержденные совпадения (определенные как имеющие K d < 1 мМ с помощью SPR). для всех целей. Вероятность попадания по двум мишеням была сравнима с частотой попадания для Набор биофизики, а также константы диссоциации и эффективности лигандов. Нет неожиданно набор Kinase Hinge давал более высокую частоту попаданий киназы. (Два мишени проверялись только с помощью набора Low HBD.)
Процент попаданий из
другие библиотеки фрагментов, имеющие 0 или 1 HBD, составляли 44%, 46% и 80%, поэтому низкий
Набор HBD, кажется, выполняет свою роль по обогащению этих типов
соединения. Интересно, что когда исследователи проанализировали успешные исследования фрагментов в отведениях, опубликованные в период с 2015 по 2021 год, они обнаружили, что 53% из них имели всего 0
или 1 ГБД.
Все эти результаты показывают, что резко сократить количество доноров водородных связей в библиотеке фрагментов не имеет отрицательных последствий. Возможно, это и неудивительно: анализ мы выделили в 2021 году на основе 131 истории успеха от фрагмента до лида, отметили, что большинство из них сохранили только одно или два полярных взаимодействия от первоначального попадания. Что В документе также отмечается, что, хотя 35% полярных взаимодействий были связаны с водородом NH доноры связи на лигандах, еще более высокий процент приходится на водородную связь акцепторы. В этой статье и исследователи AstraZeneca также отмечают потенциал других типов взаимодействий, таких как поляризованные доноры водородных связей C-H и галогенные связи. Будет забавно наблюдать за прогрессом хитов из этой библиотеки.
Скрининг фрагмента фото-CIDNP
В прошлом году мы выделили доклад
Феликс Торрес, в котором он описал фотохимически индуцированную динамическую поляризацию ядер.
(фото-CIDNP) как быстрый и чувствительный метод скрининга фрагментов. Он, Роланд
Риек и сотрудники Швейцарского федерального технологического института и
Латвийский институт органического синтеза только что опубликовал подробности (открыть
доступ) в J. Am. хим. соц.
Открытие фото-CIDNP восходит к 1967, что является полезным напоминанием о том, что технический прогресс не обязательно происходит быстро. Физика и математика немного сложны, но по сути процесс требует молекулы фотосенсибилизатора, которая возбуждается светом, а также может образовывать радикальную пару с данной молекулой лиганда. Этот «гиперполяризованный» лиганд легко обнаруживается с помощью ЯМР. Если лиганд связан с белком, лиганд менее способны быть гиперполяризованными и, таким образом, проводить эксперименты в присутствии а отсутствие белка показывает, связывается ли небольшая молекула с белком интерес.
На практике исследователи использовали
флуоресцеин в качестве фотосенсибилизатора.
Чтобы предотвратить гашение возбужденного состояния
растворенного кислорода, образцы также включали глюкозу (в концентрации 2,5 мМ) и ферменты
глюкозооксидазы и каталазы. Образцы освещали лазером с длиной волны 450 нм.
свет которого подавался в ЯМР-прибор с частотой 600 МГц через оптическое волокно.
Итак, что вы получаете за все это сложное настраивать? Скорость и чувствительность. Гиперполяризация позволяет лигандам обнаруживается с помощью одного сканирования, занимающего всего 2 секунды, в отличие от типичного эксперимента STD ЯМР, который может занять десятки минут. Кроме того, соединение и белок концентрация может быть уменьшена, что позволяет экономить драгоценные материалы и снижает риск агрегации.
Но чтобы реализовать эти преимущества,
исследователям нужно было создать библиотеку фрагментов, подходящую для фото-CIDNP.
Сообщалось, что только около 30 молекул подходят для фото-CIDNP, но эти
включены ароматические фрагменты, часто встречающиеся в таких препаратах, как индол, фенол,
и имидазольные кольца.
Исследователи проверили более 1300 фрагментов и выбрали
набор из 212, которые соответствовали правилу трех и показали как минимум пятикратное увеличение
усиление отношения сигнал-шум в фото-CIDNP.
Эта библиотека «NMhare» была проверена против фермента PIN1, который связан с раком и другими заболеваниями. Каждый фрагмент подвергали индивидуальному скринингу при 50 мкМ с 25 мкМ PIN1 или без него. Хотя каждый эксперимент занимал всего 2 секунды, смена образцов занимала больше времени. и вся серия из 424 экспериментов заняла 11 часов. Исследователи описали система на основе потока, которая потенциально может проверять 5000 соединений в день.
После визуального осмотра и проверки качества
контроля было выявлено двадцать попаданий. Примечательно, что все двадцать из них подтвердили
в качестве связующих с использованием обнаруженных белков ( 15 N, 1 H-HSQC) ЯМР, с
фрагменты при 200 мкМ и изотопно-меченый белок при 50 мкМ. Два фрагмента
о которых ранее сообщалось как о связующих веществах, и исследователи смогли
определить константы диссоциации для них в низком миллимолярном диапазоне.
Более того,
они смогли продемонстрировать, что фото-CIDNP может обнаруживать один из этих
фрагменты при концентрации всего 5 мкМ в присутствии 2 мкМ PIN1.
В целом, это отличная технология, хотя, поскольку это требует некоторой инженерии, я не уверен, где это подпадает под «практическое» описание этого блога. Тем не менее, если это окажется достаточно полезным, я уверен, поставщики предложат готовые решения. Я с нетерпением жду, чтобы услышать, что ЯМР любители должны сказать.
Результаты опроса: библиотеки фрагментов в 2023 г.
Наш последний опрос на фрагменте
библиотеки предполагают, что область устанавливает некоторые стандартные методы. Опрос
проходил с 9 апреля по 26 мая. Из 59 участников все, кроме одного, ответили
все вопросы (на последний вопрос был один пропуск). это немного
ниже, чем в предыдущие годы; может люди устали от интернет-опросов? Мы также
не знаю, сколько организаций представляют респонденты; возможно
от одной компании или университета проголосовало несколько человек, что могло исказить
Результаты.
Тем не менее, мы считаем, что это исследование дает разумную картину того, как
люди создают и поддерживают библиотеки фрагментов.
Наш первый вопрос о размер библиотеки, и результаты аналогичны тому, когда мы в последний раз задавали этот вопрос в 2018 г., когда средняя библиотека содержала от 1001 до 2000 фрагментов.
Затем мы спросили о размере сами фрагменты, в частности минимальное и максимальное количество неводородные атомы, разрешенные во фрагменте. Минимум практически не изменился с 2018 г., в среднем 7-8 тяжелых атомов. Однако доля респондентов, которые включая мельчайшие фрагменты, удвоилось (хотя и с небольшого числа), возможно, в связи с растущим интересом к MiniFrags и MicroFrags.
В отличие от 2018 года максимальный размер
Фрагменты кажутся бимодальными, некоторые люди проводят линию на 15-16
тяжелые атомы (согласуется с этим анализом Astex), в то время как другие позволяют
более крупные фрагменты.
Будет интересно посмотреть, будет ли эта бифуркация
представляет собой истинный сдвиг, хотя вероятны даже фрагменты с 22 тяжелыми атомами.
быть менее 300 Да, в соответствии с правилом трех, то есть двадцать лет
старый в этом году.
Мы тогда спросили о наличии хиральных молекул. По сравнению с 2017 годом мало что изменилось, и большинство респондентов заявляя, что в их библиотеке есть рацемические соединения, хотя небольшое увеличение количества респондентов без учета хиральных фрагментов.
Новый вопрос для этого опроса спросили, рассматривалась ли синтетическая управляемость в начале библиотечного дизайн. Это было соображением для 85% людей, принявших участие в опросе; больше, чем третий сказал, что рассматривает возможность прогресса для каждого фрагмента в библиотеке.
9000 6 Наконец, мы спросили о хранении библиотеки
условия. Как и в случае, когда мы задавали этот вопрос девять лет назад, более двух пятых
респонденты заявили, что хранят свою библиотеку при температуре -20 ˚C. Однако доля
респонденты, которые хранят свою библиотеку при комнатной температуре, снизились, в то время как те
тех, кто хранит свои библиотеки при температуре -80 ˚C.
Хотя некоторые изменения заметно с годами, кажется, что лучшие практики были созданы и широко применяется в дизайне библиотек фрагментов. Как вы думаете — делает вас что-нибудь удивит?
Старые сообщения Главная
Подписаться на: Сообщения (Atom)
Серия проектов фрагментов: Коллекция P4
Теперь, когда вы познакомились с проектом фрагментов в моем блоге, позвольте мне сделать шаг назад и больше сосредоточиться на природе фрагментов и их местонахождении.
от. Фрагменты — это части предмета разных размеров и форм, отколовшиеся от него по разным причинам. Это называется диссоциацией и является одним из факторов разрушения, с которым сталкивается культурное наследие. В библиотечных коллекциях это может произойти из-за хрупкого состояния бумаги, или из-за того, что переплет был недостаточно прочным, чтобы скрепить все страницы, или, среди прочего, из-за износа тома. Дело в том, что фрагменты могут варьироваться от небольшого кусочка страницы, или целой страницы, или даже нескольких страниц из книги. Хотя эти фрагменты действительно относятся ко всем предметным областям, представленным в Общей коллекции, этот блог будет посвящен конкретной коллекции, из которой происходит большинство фрагментов и чей характер книг и брошюр сделал их более уязвимыми для повреждений и потерь.
Коллекция P4 (аббревиатура от Priority 4 Collection) состоит из более чем 75 000 предметов, приобретенных Библиотекой Конгресса в 1920-х и 1930-х годах, для которых существуют лишь минимальные каталожные записи.
Это коллекция, охватывающая все темы на многих языках, по сути, микрокосм общей Коллекции. В этой коллекции довольно много уникальных предметов. Большинство материалов на европейских языках — итальянском, португальском, французском, испанском, немецком и английском, хотя были обнаружены предметы на некоторых скандинавских языках, русском и даже японском и вьетнамском — и большинство датируется концом 19 века.го и начала 20 века. Многие брошюры или книги на восточноевропейских языках отражают публикации после Первой мировой войны, когда многие страны стали независимыми. Плохое качество бумаги и переплетов отражает издательские условия того периода.
Из-за нехватки места на Капитолийском холме эта коллекция десятилетиями хранилась в нашем хранилище в Лэндовере, штат Мэриленд, в далеких от идеальных условиях окружающей среды. Когда пришло время передать этот материал в наше ультрасовременное внешнее хранилище в Форт-Миде с лучшими условиями сохранности для библиотечных и архивных материалов, необходимо было осуществить масштабный проект по обращению с тысячами единиц хранения.
Коллекция П4. Итак, в 2008 году сотрудник отдела управления коллекциями (бывший отдел CALM) начал крупномасштабный проект по сохранению, чтобы улучшить физическое состояние этих предметов P4, особенно самых хрупких. Проект включал оценку потребностей для каждого отдельного предмета и рекомендации по действиям по сохранению, чтобы стабилизировать предметы на полках, в пути и в использовании. Кроме того, были предприняты дальнейшие действия по сохранению, такие как связывание многих тысяч хрупких предметов хлопковой нитью, чтобы скрепить их вместе; размещение всех хрупких, ломких и поврежденных предметов в изготовленных на заказ бескислотных регулируемых чехлах или конвертах; и дублирование библиографической информации на приложениях, предварительно обработанных для перевода. Огромная и сложная задача, учитывая количество предметов, их хрупкое состояние и строгие сроки переезда.
Проект в основном выполнялся стажерами и волонтерами под моим руководством, и на его успешное завершение ушло немногим более трех лет.
Сегодня подавляющее большинство предметов P4 в настоящее время хранится в хранилище коллекций Библиотеки Конгресса в Форт-Мид в контролируемой среде, что продлит ожидаемый срок службы коллекции в пять раз.
Однако при обработке этой коллекции из-за хрупкости и хрупкости материала было изолировано около 5% предметов (примерно 3750), так как это были не полные книги, а иногда просто фрагменты книги. Большинство из них были помещены в конверты с флажками, идентифицирующими Фрагмент , в то время как многие другие просто лежали в коробках. Я обозначил коробки как Бедствие , потому что действительно чувствовал себя так, когда видел все эти бесхозные кусочки, оторванные от оригинальных книг. Именно тогда я инициировал проект «Фрагмент», чтобы убедиться, что все книги были полными и доступными для читателей, с целью создания протоколов поиска для воссоединения недостающих частей с исходными томами, обновления библиографической информации и выполнения дальнейших действий по сохранению после того, как все части будут собраны.
.
В 2017 году моя коллега Ян Ланкастер из отдела управления цифровыми коллекциями и обслуживания (DCMS) присоединилась ко мне в этих усилиях до выхода на пенсию несколько месяцев назад. Мы сосредоточились в основном на фрагментах коллекции P4. Первоочередной задачей была сортировка разрозненных, разрозненных предметов. Некоторые произведения по-прежнему сохраняли исходные номера P4, которые легко сопоставлялись с их библиографическими записями P4 в каталоге библиотеки. Мы запросили том из внешнего хранилища и смогли воссоединить оставшиеся страницы, сделав его завершенным. Эти предметы были отправлены на оцифровку.
С другой стороны, отдельные фрагментарные предметы без какой-либо идентификации состояли в основном из отдельных страниц, отдельных досок или подписей (многостраничных разделов) из книг, периодических изданий или брошюр. Поиск оригинальной книги в этом случае намного сложнее, требуя тщательного анализа фрагментов, документирования каждой подсказки, такой как язык, тема, детали иллюстраций, подписи и т.
д., которые могут помочь во время поиска в библиотеке. библиографической базы данных Конгресса и других глобальных баз данных.
Единственная обложка с экслибрисом Амиды Стэнтон была одним из первых рассмотренных фрагментов из коллекции P4 и была найдена в одном из фрагментов коробки с маркировкой катастрофа . Этот единственный фрагмент привел к драматическому открытию важного подарка библиотеке ее сестры Альты Стэнтон, состоящей из более чем 300 книг из личной библиотеки Амиды с французской, немецкой и итальянской литературой, которые когда-то хранились на полке вместе с коллекцией P4. Ознакомьтесь с захватывающими подробностями об этой находке в первом блоге серии: When Every Piece Counts: The Fragment Project.
В этой серии блогов мы продолжим рассказывать невероятные истории об этой захватывающей охоте за сокровищами и радости от спичек. На сегодняшний день просмотрено около 900 фрагментов и выявлено 340 совпадений с законченными книгами. Это имеет решающее значение как для безопасности коллекции, так как записи будут обновляться для точного отражения предмета, так и для предоставления доступа к этим разрозненным материалам посетителям сейчас и в будущем.